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生物多样性保护的多组学数据资源进展——以国家基因组科学数据中心为例: 2025年; 基因组、转录组、表观组等多组学数据,因含有丰富的生物分子遗传信息,对生物遗传多样性的研究以及生物多样性的保护具有重要意义,但这些不同层面的组学数据不仅数据量大,而且分散在不同的数据资源网站甚至文献中,对数据的获取、共享、再整合利用等带来很大的挑战。为促进生命科学领域多组学数据的快速递交和及时共享,国家基因组科学数据中心(National Genomics Data Center,NGDC)构建了多个基础数据汇交平台。同时,为了充分整合和挖掘已有组学数据资源,构建了多个家养动植物的多组学整合资源库以及知识库。目前,NGDC形成了综合的多组学大数据资源体系,这将对生物多样性保护,包括物种鉴定、濒危物种保护、育种、生境变化监测等起到重要支撑作用。; 唐碧霞唐碧霞张思思张陌尘张思思王彦青陈梅丽田东梅王彦青李茹姣陈梅丽肖景发田东梅章张鲍一明李茹姣; 关键词：生物多样性数据汇交

2019新型冠状病毒信息库被引量：61: 2020年; 2019年12月在中国武汉开始爆发的新型肺炎已造成全球25个国家/地区的31516人感染、638人死亡(截止2020年2月7日16时),引起该肺炎的病毒被世界卫生组织命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。为促进2019-nCoV数据共享应用并及时向全球公众提供病毒的相关信息,国家生物信息中心(CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)建立了2019新型冠状病毒信息库(2019nCoVR,https://bigd.big.ac.cn/ncov)。该信息库整合了来自德国全球流感病毒数据库、美国国家生物技术信息中心、深圳(国家)基因库、国家微生物科学数据中心及CNCB/NGDC等机构公开发布的2019-nCoV核苷酸和蛋白质序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章等信息,开展了不同冠状病毒株的基因组序列变异分析并提供可视化展示。同时,2019nCoVR无缝对接CNCB/NGDC的相关数据库,提供新测序病毒株系的基因组原始测序数据、组装后序列的在线汇交、管理与共享、国际数据库同步发布等数据服务。本文对2019nCoVR数据汇交、管理、发布及使用等进行全面阐述,以方便用户了解该信息库各项功能及数据状况,为加速开展病毒的分类溯源、变异演化、快速检测、药物研发以及新型肺炎的精准预防与治疗等研究提供重要基础。; 赵文明宋述慧宋述慧陈梅丽马利娜马利娜李茹姣李茹姣郝丽丽田东梅田东梅唐碧霞王彦青朱军伟陈焕新章张鲍一明

面向国际的生命组学大数据管理体系建设被引量：4: 2016年; 组学数据是生命科学研究中的一类极其重要的大数据,特别是二代测序技术的发展推动了组学大数据的爆炸式增长。通过借鉴国际数据中心建设的成功经验,分析国内组学产出数据及数据库建设、数据管理现状及应用需求,构建了面向国际的生命组学大数据管理体系,涵盖组学原始序列归档库、基因组序列数据库、基因表达数据库、基因组变异数据库、DNA甲基化数据库系统等,初步形成中国组学数据资源的存储、共享与应用体系。; 赵文明张思思唐碧霞陈婷婷郝丽丽桑健李茹姣肖景发章张; 关键词：大数据数据共享生物信息学基因组

柯萨奇病毒A16型感染293T细胞的转录组研究: 柯萨奇病毒A16 型(CVA16)作为小RNA 病毒科肠道病毒属的成员，是世界范围内导致手足口病的主要病原之一.CVA16 引起的手足口病症状多为肢端、口颊部位疱疹，严重的中枢神经系统炎症也有零星的报道.; 苏维恒李茹姣肖景发姜春来; 关键词：转录组 MRNA-SEQ

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李茹姣

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