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面向国际的生命组学大数据管理体系建设被引量：4: 2016年; 组学数据是生命科学研究中的一类极其重要的大数据,特别是二代测序技术的发展推动了组学大数据的爆炸式增长。通过借鉴国际数据中心建设的成功经验,分析国内组学产出数据及数据库建设、数据管理现状及应用需求,构建了面向国际的生命组学大数据管理体系,涵盖组学原始序列归档库、基因组序列数据库、基因表达数据库、基因组变异数据库、DNA甲基化数据库系统等,初步形成中国组学数据资源的存储、共享与应用体系。; 赵文明张思思唐碧霞陈婷婷郝丽丽桑健李茹姣肖景发章张; 关键词：大数据数据共享生物信息学基因组

生物多样性保护的多组学数据资源进展——以国家基因组科学数据中心为例: 2025年; 基因组、转录组、表观组等多组学数据,因含有丰富的生物分子遗传信息,对生物遗传多样性的研究以及生物多样性的保护具有重要意义,但这些不同层面的组学数据不仅数据量大,而且分散在不同的数据资源网站甚至文献中,对数据的获取、共享、再整合利用等带来很大的挑战。为促进生命科学领域多组学数据的快速递交和及时共享,国家基因组科学数据中心(National Genomics Data Center,NGDC)构建了多个基础数据汇交平台。同时,为了充分整合和挖掘已有组学数据资源,构建了多个家养动植物的多组学整合资源库以及知识库。目前,NGDC形成了综合的多组学大数据资源体系,这将对生物多样性保护,包括物种鉴定、濒危物种保护、育种、生境变化监测等起到重要支撑作用。; 唐碧霞唐碧霞张思思张陌尘张思思王彦青陈梅丽田东梅王彦青李茹姣陈梅丽肖景发田东梅章张鲍一明李茹姣; 关键词：生物多样性数据汇交

GSA-Human:人类遗传资源数据管理的公共系统被引量：12: 2021年; GSA-Human是人类遗传资源数据汇交、存储、管理与共享的数据库系统,可提供人类遗传资源数据的上传、下载、浏览、检索等公共服务,并有效支撑了国家重点研发计划科技项目数据的汇交与管理工作。系统具有符合《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》数据安全管理策略,提供公开访问和受控访问相结合的数据使用模式。公开访问数据允许用户自由下载与获取;受控访问数据采用申请-审核的模式,即需要通过数据管理委员会(Data Access Committee,DAC)的授权方可获得下载和使用权限。系统自上线以来,截至2021年7月,汇集数据总量已超5.27 PB。; 张思思张思思陈婷婷陈旭唐碧霞陈婷婷董丽莉朱军伟孙艳玲唐碧霞翟爽孙玉彬陈焕新杜政霖肖景发章张鲍一明王彦青陈焕新; 关键词：数据汇交数据共享

2019新型冠状病毒信息库被引量：61: 2020年; 2019年12月在中国武汉开始爆发的新型肺炎已造成全球25个国家/地区的31516人感染、638人死亡(截止2020年2月7日16时),引起该肺炎的病毒被世界卫生组织命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。为促进2019-nCoV数据共享应用并及时向全球公众提供病毒的相关信息,国家生物信息中心(CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)建立了2019新型冠状病毒信息库(2019nCoVR,https://bigd.big.ac.cn/ncov)。该信息库整合了来自德国全球流感病毒数据库、美国国家生物技术信息中心、深圳(国家)基因库、国家微生物科学数据中心及CNCB/NGDC等机构公开发布的2019-nCoV核苷酸和蛋白质序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章等信息,开展了不同冠状病毒株的基因组序列变异分析并提供可视化展示。同时,2019nCoVR无缝对接CNCB/NGDC的相关数据库,提供新测序病毒株系的基因组原始测序数据、组装后序列的在线汇交、管理与共享、国际数据库同步发布等数据服务。本文对2019nCoVR数据汇交、管理、发布及使用等进行全面阐述,以方便用户了解该信息库各项功能及数据状况,为加速开展病毒的分类溯源、变异演化、快速检测、药物研发以及新型肺炎的精准预防与治疗等研究提供重要基础。; 赵文明宋述慧宋述慧陈梅丽马利娜马利娜李茹姣李茹姣郝丽丽田东梅田东梅唐碧霞王彦青朱军伟陈焕新章张鲍一明

面向生物组学大数据计算的云平台系统及方法: 本发明公开了一种面向生物组学大数据计算的云平台系统及方法，涉及用于维护或管理的装置技术领域。所述系统包括系统管理模块、数据管理模块、应用程序管理模块、流程管理模块、任务管理模块、数据可视化操作模块以及用户与权限管理模块。...; 唐碧霞赵文明朱军伟王彦青; 文献传递

系统生物学中多组学综合数据库的设计与实现: 系统生物学中多组学综合数据库以建立综合型组学数据库为目标，目前集成了水稻、家鸡、家蚕、流感病毒以及人的dbSNP数据供用户访问。本文结合系统生物学中多组学综合数据库系统的建设过程，详细描述了系统架构设计以及数据库结构设计...; 唐碧霞王彦青陈旭庞博赵文明; 关键词：系统生物学系统设计功能模块; 文献传递

面向生物组学大数据计算的云平台系统及方法: 本发明公开了一种面向生物组学大数据计算的云平台系统及方法，涉及用于维护或管理的装置技术领域。所述系统包括系统管理模块、数据管理模块、应用程序管理模块、流程管理模块、任务管理模块、数据可视化操作模块以及用户与权限管理模块。...; 唐碧霞赵文明朱军伟王彦青

基因组可视化工具GBrowse及其应用: 基因组可视化工具是生物学领域一个比较重要的数据辅助分析工具，到目前为止，己有许多满足各种不同需求的可视化工具被开发出来并被使用。本文介绍了GBrowse的功能、特点，并结合实际给出了GBrowse在水稻基因组浏览器中的简...; 唐碧霞王彦青陈旭庞博赵文明; 关键词：基因组可视化工具用户体验; 文献传递

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唐碧霞

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