杨杨
- 作品数：3 被引量：25H指数：2
- 供职机构：新疆大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金新疆维吾尔自治区科技支疆项目更多>>
- 相关领域：环境科学与工程医药卫生生物学更多>>
- Aeromonas sp.XJ-6双加氧酶基因的克隆、表达及对酪氨酸的降解被引量：2
- 2016年
- 目的:从Aeromonas sp.XJ-6中克隆双加氧酶基因,初步探索该酶的功能,为芳香烃化合物的生物降解提供基因资源。方法:PCR扩增双加氧酶基因dio6,并实现该基因在大肠杆菌(Escherichia coli)中的诱导表达。产物经Ni-NTA柱纯化后,通过薄层层析(TLC)和HPLC检测双加氧酶dio6对Tyr的降解效果,再结合LC-MS检测降解产物,并分析其可能的降解途径。结果:Aeromonas sp.XJ-6双加氧酶基因dio6大小为1 194bp;通过金属鳌合亲和层析(MCAC)纯化后dio6表达产物的大小为44.9k Da。双加氧酶dio6对Tyr具有较强的降解作用。TLC和HPLC检测表明,在60μl酶量和30℃反应温度等条件下,Tyr降解较快;Mg^(2+)、Ca^(2+)略微抑制酶促反应,Mn^(2+)、Zn^(2+)、Cu^(2+)、Fe^(2+)、Ca^(2+)促进底物降解,其中Mn^(2+)对双加氧酶影响最大。LC-MS分析表明,在双加氧酶dio6作用下,Tyr被降解为延胡索酸。结论:Aeromonas sp.XJ-6双加氧酶dio6是一种苯环开环酶,为芳香烃化合物的生物降解提供了良好的基因资源。
- 杨杨杨江科熊炜梁建芳段魏魏晁群芳
- 关键词：双加氧酶苯环LC-MS
- 改良CTAB法提取新疆一枝蒿干叶基因组DNA被引量：10
- 2015年
- 目的：从自然干燥的新疆一枝蒿中提取高质量的基因组DNA,为该药材的分子生物学研究提供参考。方法：采用2种改良十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法与常规CTAB法提取新疆一枝蒿中基因组DNA,通过加适量聚乙烯吡咯烷酮（PVP）研磨样本,在核裂解前用细胞核裂解液（STE）洗涤多酚类和多糖类物质,利用95%乙醇室温沉淀DNA等措施。改良CTAB法2与1相比不用液氮研磨样本。通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法和相关序列扩增多态性（SRAP）检测提取DNA的质量。结果：2种改良CTAB法所得DNA质量均优于常规CTAB法,DNA完整性较好,A260 nm/A280 nm在1.8~2.0,多糖类杂质去除较为干净。SRAP检验条带清晰、多态性良好。结论：2种改良CTAB法均适用于高质量新疆一枝蒿干叶基因组DNA的提取,得到的DNA纯度和完整性均较理想,可为后续分子生物学研究提供良好模版。
- 王桂娥晁群芳梁建芳杨杨殷亚兰
- 关键词：新疆一枝蒿DNA提取改良CTAB法琼脂糖凝胶电泳
- 克拉玛依油田石油污染土壤细菌群落结构与环境因子的关系被引量：13
- 2016年
- 【目的】以16S rRNA为分子标记,探讨克拉玛依油田石油污染土壤中细菌群落多样性和系统发育,并分析环境因子对群落分布的影响,为生物降解石油污染物提供理论基础。【方法】在克拉玛依油田分别采集深度为5、20、50 cm的石油污染土壤样品,测定环境参数;提取石油污染土壤细菌群落基因组DNA,分别构建3个土层细菌16S rRNA基因文库,利用限制性片段长度多态性分析(Restriction fragment length polymorphisms RFLP)技术初步分群,确定各文库中的代表菌株并测定16S rRNA基因序列;利用软件Biodap计算各群落多样性和丰富度指数,以Neighbor-Joining法构建3个土层细菌的系统发育树;运用软件CANOCO 4.5结合不同样品环境因子的差异进行典型对应分析(CCA),并探讨了环境因子对细菌多样性的影响。【结果】环境参数结果表明20 cm土层总磷(TP)、总氮(TN)含量最低,50 cm含量最高;5 cm土层中有机碳(TOC)含量最高,50 cm含量最低。基于16S rRNA序列的生物多样性和物种丰富度指数表明20 cm土层生物多样性和丰富度指数较高,而50 cm土层各项指数均较低。各土层供试序列RFLP聚类分析表明,克拉玛依油田石油污染土壤细菌种群具有丰富的多样性。Neighbor-Joining构建的系统发育分析表明,石油污染土壤被分为5个类群(I–V),分别为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicute)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉状菌门(Planctomycetes),其中群Ⅰ占78.57%,广泛分布于不同的生态环境;其中来自5 cm土层代表菌的69.23%分布于群Ⅰ。CCA分析结果显示TN、TP和TOC对大部分细菌影响较大;TOC含量对Pseudomonas影响明显。【结论】克拉玛依油田石油污染土壤细菌群落具有丰富的多样性;环境因子是影响石油污染土壤细菌群落空间分布的重要因素。
- 梁建芳杨江科杨杨晁群芳殷亚兰赵亚光
- 关键词：石油污染土壤RFLP分析细菌多样性CCA分析
