徐利娟
- 作品数：9 被引量：64H指数：3
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- 牛基因组中新的microRNA预测及分析
- 引言MicroRNA(miRNA)是一类调控真核基因表达的非编码小分子RNA。已证实miRNA在生物体生长、发育和疾病发生等过程中起着重要的作用。由于miRNA的表达具有组织特异性和时序性,这给克隆miRNA基因带来了很...
- 穆松钟金城陈智华徐利娟
- 关键词：MIRNA
- 文献传递
- 牦牛mtDNA编码蛋白质的基因序列分析
- 引言牦牛(Bos grunniens)起源于中国,是一个分布范围比较狭窄的珍稀畜种。线粒体DNA(mtDNA)已被作为探索物种(或品种)的起源、进化以及重建物种的系统发育史的一个比较实用的遗传标记。在蛋白质的合成
- 徐利娟钟金城杨万远马志杰穆松姬秋梅张成福
- 关键词：牦牛MTDNA密码子偏好性聚类分析
- 文献传递
- 西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化被引量：32
- 2012年
- 通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。
- 张成福徐利娟姬秋梅信金伟钟金城
- 关键词：西藏牦牛MTDNAD-LOOP区
- 流感病毒基因的密码子偏好性及聚类分析被引量：3
- 2010年
- 流行性感冒病毒是一种造成人类及动物患流行性感冒的RNA病毒,它造成急性上呼吸道感染,并由空气迅速传播,在世界各地常有周期性的大流行.根据该病毒的基因组CDS序列,探讨了基因组序列密码子的使用模式和特性,并进行了病毒间的聚类分析.结果表明：流感病毒的G＋C含量均低于A＋U含量,偏向使用以A、U结尾的密码子的程度比使用以G、C结尾的较高,CUG、UCA、AGU、AGC、AGA、AGG、GUG、CCA、ACA、GGA、GCA、AUU、UGA、CAU、CAA、AAU、AAA、GAA等18个密码子为流感病毒共有的偏好性密码子,且以A结尾的居多,尤其偏爱AGA、GGA.聚类结果表明首先亚洲流感病毒H2N2和香港流感病毒H2N2聚为一类,亚洲流感病毒H1N1和俄罗斯流感病毒H1N1聚为一类,1997年和2003年~2004年发生的人禽流感聚为一类,说明它们的密码子使用的偏好性相似;而2009年爆发的甲型H1N1流感和任何一个流感的距离都比较远,说明甲型H1N1流感病毒是一种新型的病毒,不同于以往任何一种流感病毒.
- 徐利娟钟金城陈智华穆松
- 关键词：流感病毒密码子偏好性聚类分析
- “超级细菌”NDM-1的研究现状被引量：3
- 2010年
- 金属-β-内酰胺酶是β-内酰胺酶中的B亚群,NDM-1是一种近来发现的新的金属-β-内酰胺酶,携带NDM-1基因的细菌几乎对所有抗生素耐药,所以被称为"超级细菌"。论文从"超级细菌"NDM-1的起源、分子特点、传播途径以及预防措施等方面进行了介绍。
- 徐利娟黄敏
- 关键词：超级细菌NDM-1细菌耐药
- 牦牛mtDNA编码蛋白质的基因密码子偏好性研究及聚类分析被引量：12
- 2010年
- 对牦牛线粒体DNA(mtDNA)编码蛋白质的基因序列进行分析,探讨基因序列密码子的使用模式和特性,并根据基因序列和密码子的偏好性对牦牛与其他物种间的进化关系进行聚类分析。结果表明,牦牛mtDNA编码蛋白质的基因偏爱使用碱基A以及以A结尾的密码子,UUC、UAC、CAC、CAA等28个密码子为牦牛mtDNA编码蛋白质基因的偏好性密码子。家牦牛与野牦牛亲缘关系最近,首先聚为一类,然后依次与其他牛、山羊、绵羊等物种相聚。
- 徐利娟钟金城杨万远马志杰穆松姬秋梅张成福
- 关键词：牦牛MTDNA密码子偏好性聚类分析
- 牛基因组per-microRNA SNP多态性被引量：2
- 2011年
- 研究牛microRNA的进化模式和现状,阐明microRNA的功能性SNP的作用和对动物表型的影响。选取牛per-microRNA及其相邻区域,统计各区域SNP数量和密度,考察SNP对microRNA二级结构稳定性和靶基因选择的影响。结果显示,per-microRNA的SNP密度显著低于其侧翼区,Seed区的SNP的密度较高,Seed区的SNP变异对per-microRNA二级结构稳定性的影响最高,microRNA成熟体SNP可能影响mi-croRNA对靶基因的选择。上述结果表明,牛在进化过程中可能存在加速进化的现象,目前牛microRNA的进化正处于活跃期。microRNA上的功能性SNP位点对microRNA的靶基因选择和结构稳定性有很大影响,并最终通过microRNA来影响动物表型的改变。
- 穆松钟金城陈智华徐利娟
- 关键词：SNPMICRORNA
- 西藏牦牛的遗传多样性及其系统进化研究被引量：22
- 2011年
- 通过测定西藏11个牦牛类群的mtDNA D-loop区、cytb基因、COⅢ基因的核苷酸序列以及分析核基因组的RAPD多样性,研究了西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系和系统进化关系.结果表明:①西藏牦牛具有丰富的遗传多样性,且具有西藏东部地区的牦牛类群遗传多样性相对较高,而西部的牦牛类群遗传多样性相对较低的趋势,显示西藏东部地区可能是家牦牛的起源地之一.西藏牦牛的这些遗传多样性是西藏牦牛业持续发展和牦牛适应外界环境变化的物质基础,也是将来培育牦牛新品种或品系的重要基因资源,应加以妥善保护并进行合理开发利用.②西藏牦牛可分为两大类,有2个母系起源.③牦牛与美洲野牛的亲缘关系比与普通牛的近,作者认为将牦牛(家牦牛和野牦牛)划分为牛亚科中一个独立属——牦牛属(Poephagus)比将牦牛作为牛属中的一个亚属或一个种更合适.
- 钟金城柴志欣姬秋梅赵尚娟徐利娟唐懿挺张成福信金伟
- 关键词：西藏牦牛系统进化
- 牛基因组中新的microRNA预测及分析被引量：1
- 2010年
- MicroRNA(miRNA)是一类调控真核基因表达的非编码小分子RNA,目前已证实miRNA在生物体生长、发育和疾病发生等过程中起着重要的作用。用同源搜索的计算分析法预测新的miRNAs是当前发现和鉴定miRNA的有效方法之一,本研究根据NCBI数据库中的牛EST、GSS信息以及猪、家犬、人、大猩猩和小家鼠5种哺乳动物的已经注册miRNA分子信息,预测牛新的候选miRNA,通过碱基错配、二级结构、A+U含量、自由能大小等分析候选序列特征,得到了17条牛新的候选miRNA。这对进一步寻找牛的miRNA和遗传育种研究提供了新的思路,具有一定的理论和实际意义。
- 穆松钟金城陈智华徐利娟
- 关键词：MIRNA
