何明杰
- 作品数：1 被引量：3H指数：1
- 供职机构：江西农业大学生物科学与工程学院更多>>
- 发文基金：江西省科技支撑计划项目国家自然科学基金江西省教育厅科学技术研究项目更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 黄鳝EST-SSR标记的开发及其通用性检测被引量：3
- 2017年
- 利用SSRrepeat软件对NCBI数据库中黄鳝肠道EST序列进行挖掘、验证,分析微卫星(SSR)在这些序列中的总体分布特点,并开发黄鳝EST-SSR引物。结果显示,在黄鳝肠道的814条EST序列中共搜索到51个SSR位点,分布在43条EST中,出现频率为6.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.80 bp。其中,三核苷酸重复为主导类型,占总SSR的49.02%,其次为二核苷酸重复,占29.41%。四、五、六碱基重复序列分别占微卫星总数的3.92%、11.76%、5.88%。多态性引物验证结果表明,在设计合成的21对EST-SSR引物中,12对在黄鳝中获得有效扩增。其中7对引物显示出多态性,共扩增出29个等位基因;每个位点等位基因数为2~7个(平均4.14),观测杂合度(Ho)为0~0.857 1,期望杂合度(He)为0.135 1~0.822 7,多态信息含量(PIC)为0.123 8~0.781 1。在鲤形目和鲈形目中进行的跨物种扩增结果表明,12对引物中有7对引物在5个不同物种间得到成功扩增,5对引物在个别物种间表现出多态。研究获得的EST-SSR引物,可用于黄鳝的种资资源评价及遗传结构研究。
- 张飞飞陈璇陈志永赖崇德徐敏何明杰隗黎丽钟其旺
- 关键词：黄鳝表达序列标签微卫星
