张帅
- 作品数：21 被引量：79H指数：6
- 供职机构：中国水产科学研究院南海水产研究所更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项广东省科技计划工业攻关项目中国水产科学研究院基本科研业务费专项基金更多>>
- 相关领域：农业科学轻工技术与工程生物学文化科学更多>>
- 基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库被引量：11
- 2022年
- 为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5'端的163~185 bp序列。同时,从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条,共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列,初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库。研究发现:COI序列种内平均遗传距离为0.20%,种间平均遗传距离为25.54%;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12%,种间平均遗传距离为34.39%。基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙;而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙,11个物种(占总种类的6.4%)存在区分困难的情况。珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立,有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析,并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持。
- 蒋佩文李敏张帅张帅陈作志
- 关键词：COI基因珠江河口
- 基于宏条形码技术的南海亮眶灯鱼食性初步分析被引量：7
- 2022年
- 食性研究是鱼类生物学和生态学研究的重要内容,是进行渔业资源开发和管理的基础。以南海亮眶灯鱼(Diaphus splendidus)为研究对象,提取其胃含物DNA,选用线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基I(Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,COI)作为分子标记进行扩增,通过高通量测序鉴定其食物组成。结果显示,亮眶灯鱼胃含物中共鉴定出饵料生物34种,隶属于5门7纲11目18科29属。亮眶灯鱼食物组成包括介形类、桡足类、端足类、鱼类、水母类、磷虾类、翼足类和多毛类。其中介形类、桡足类和端足类是其食物组成中的优势类群,这些优势类群与形态学鉴定方法的结果基本一致,此外还检测出形态学方法未鉴定到的水母这一食物类群。研究表明宏条形码技术适用于南海亮眶灯鱼的食性分析,且比基于形态学的食性分析具有更高的鉴别潜力。
- 陈晓雷李敏陈作志陈作志张帅张俊徐姗楠
- 关键词：食性胃含物
- 珠江河口水体环境DNA提取方法的建立及优化被引量：6
- 2022年
- 近年来,环境DNA(eDNA)技术广泛应用于水生生物多样性研究。以珠江河口咸淡水生态系统为研究区域,采用滤膜法富集eDNA,选取直径47 mm、孔径0.45μm的硝酸纤维膜、醋酸纤维膜、玻璃纤维膜和聚碳酸酯膜共4种材质的滤膜,采用4种滤膜保存方法,结合2种试剂盒提取eDNA,评估不同组合方案对eDNA提取效果的影响。结果显示,滤膜材质和保存方法对eDNA产量具有显著影响;其中,醋酸纤维膜获取的eDNA浓度最高。在DNA提取物质量相当的情况下,海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取的eDNA浓度高于DNeasy Blood and Tissue kit试剂盒。在不同保存条件下,“液氮”保存法获取的eDNA浓度最高。在不具备冷冻条件时,可添加乙醇,常温保存滤膜。采样后立即过滤水样能够有效防止eDNA降解。文章建立了珠江口咸淡水生态系统水样eDNA的获取、保存和提取方案,可为相似水域的eDNA研究提供参考。
- 李红婷张帅邹柯姝陈作志陈作志蒋佩文曹漪婷李敏
- 关键词：珠江河口
- 基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究被引量：7
- 2023年
- 采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码,分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征,并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个,成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种(2种未鉴定到种)。其中,以鲈形目(Perciformes)种类和数量最多,种类数占比为51.6%,数量占比为47.91%;其次为鲱形目(Clupeiformes),种类数占比为25%,数量占比为34.56%。优势种10种,其中凤鲚(Coilia mystus)优势度最高,为0.071;棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)最低,为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示,鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率(95.60%)明显高于COⅠ基因(43.22%)。遗传距离和ABGD分析显示,COⅠ基因种内遗传距离为0~0.005(平均0.003),种间遗传距离为0.061~0.376(平均0.253),两者间存在明显的“条形码间隙”,ABGD划分结果与数据库比对结果一致;12S r RNA基因种内遗传距离为0~0.011(平均0.007),种间遗传距离为0.007~0.487(平均0.283),龟(Chelon haematocheila)和前鳞龟(Chelon affinis)种间遗传距离与种内遗传距离不形成“条形码间隙”,ABGD将其划分为同一种。系统发育分析显示,在种的分类阶元,所有物种均能聚为独立分支,得到有效区分。综上,线粒体COⅠ和12S rRNA条形码可有效鉴定珠江口大多数鱼卵和仔稚鱼,但是COⅠ基因扩增成功率较低,12S rRNA基因部分近缘物种存在区分困难的情况,两种基因结合使用更能提高鱼卵和仔稚鱼种类鉴定的成功率和准确性。
- 孔啸兰张帅陈作志林昭进林昭进江艳娥
- 关键词：DNA条形码
- 基于环境DNA技术的北部湾夏季鲸类多样性初探
- 2025年
- 鲸类是海洋生态系统的顶级捕食者,是维持海洋食物网稳定和平衡的关键物种。北部湾是我国南海北部的重要渔场,拥有丰富的渔业资源和生物多样性,使其成为多种鲸类的重要栖息地。为了解北部湾夏季的鲸类多样性特征,以及北部湾唯一常见大型鲸类——小布氏鲸(Balaenoptera edeni edeni)在夏季的分布状况,本研究于2023年7月—8月在北部湾中国海域采集了12个站点的水样,并利用环境DNA技术对鲸类物种组成进行检测。结果显示,夏季北部湾中国海域共检测出3种鲸类,包括印太江豚(Neophocaena phocaenoides)、热带点斑原海豚(Stenella attenuata)和印太瓶鼻海豚(Tursiops aduncus)。检出站点数(number of positive detection site,N)最多的为印太江豚(N=5),几乎遍布整个北部湾;其次为热带点斑原海豚(N=4),分布于北部湾中部及南部海域;印太瓶鼻海豚检出站点数最少(N=1),位于北部湾中部。因此,北部湾中部海域在夏季可能为鲸类热点栖息地。高通量测序和小布氏鲸的特异引物检测均未检出小布氏鲸的存在,说明涠洲岛小布氏鲸种群在夏季可能已全部离开北部湾中国海域。研究结果丰富了北部湾鲸类的多样性组成及分布等知识,完善了北部湾鲸类保护的基线信息。
- 裴赢黎明民张帅蒋佩文庞碧剑蓝文陆李敏
- 关键词：鲸类物种分布
- 一种海水环境DNA的分类采集装置及其控制方法
- 本发明涉及一种海水环境DNA的分类采集装置及其控制方法，属于基因采集技术领域，所述分类采集装置包括水样提取机构、滤样机构和DNA采集模块，所述水样提取机构包括海水提取罐，所述海水提取罐连接牵引绳，所述牵引绳连接卷筒，所述...
- 李敏邹柯姝张帅
- 基于DNA条形码技术的大亚湾春季鱼卵种类组成研究
- 2024年
- 为了解大亚湾海域鱼类早期资源的空间分布和种类组成,利用DNA条形码技术对该区域鱼卵种类和分布进行研究。于2022年4月在大亚湾的14个站点进行了采样调查,采用线粒体DNA的CO I(cytochrome oxidase subunit I)片段作为分子标记,利用DNA条形码技术鉴定了大亚湾海域春季的鱼卵种类。结果发现,大亚湾春季鱼卵种类共36种,隶属于7目16科26属,其中31种鉴定到种,有3种鉴定到属,2种鉴定到科。鱼卵的平均密度为10.12 ind/m3,密度最大的站点(37.3ind/m3)为S7。鱼卵的优势种(优势度≥0.02)为项斑项鲾(Nuchequulanuchalis)、十棘银鲈(Gerres decacanthus)、克氏副叶鲹(Alepes kleinii)、岛屿侧带小公鱼(Stolephorus insularis)、中颌棱鳀(Thryssa mystax)、叶鲱(Escualosathoracata)、黄斑光胸鲾(Photopectoralisbindus)。环境因子分析表明,本研究中环境因子与优势种鱼卵分布无强相关性,主要是由于优势种鱼卵种类是广温广盐性鱼类,对海域环境适应性很强。结果显示,大亚湾海域是多种鱼类的产卵场,但鱼卵种类仍然以小型化和低值化为主,应进一步加强对大亚湾渔业资源的保护,恢复其鱼类优良种质资源场的功能。
- 胡凯李敏张帅蒋佩文蔡研聪陈作志徐姗楠
- 关键词：DNA条形码鱼卵
- 水产动物中胶原蛋白的研究进展
- 胶原蛋白是一种重要的功能性蛋白质,广泛应用于食品,生物,医学,化妆品等工业领域。国内外对从水产动物下脚料中提取胶原蛋白有大量报道,本文主要对胶原蛋白的结构功能性质,提取方法及其应用等方面进行了阐述,旨在为进一步研究提供参...
- 张帅杨贤庆郝淑贤李来好
- 关键词：胶原蛋白
- 文献传递
- 基于线粒体Cyt b基因序列的棘头梅童鱼种群遗传结构被引量：6
- 2021年
- 选取线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因序列作为分子标记,分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构。2019年9―11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾,共检测到174个单倍型。通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现,棘头梅童鱼可分为北方支系和南方支系。分子方差分析(AMOVA)结果显示,棘头梅童鱼的南北群体存在显著的遗传分化。核苷酸错配分布分析和中性检验结果显示,棘头梅童鱼在更新世经历过种群快速扩张,且估算北方群体和南方群体的种群扩张时间分别在0.799万~1.999万和2.631万~6.577万年前。根据净遗传距离推算出北方群体和南方群体的分化时间在34.5万~86.25万年前。综上得出,中国沿海棘头梅童鱼可分为南北两个种群,在渔业资源开发和管理上需要区别对待。
- 张帅李敏李敏孔啸兰朱江峰孔啸兰朱江峰
- 关键词：棘头梅童鱼种群遗传结构细胞色素B基因渔业管理
- 罗非鱼皮胶原蛋白的提取条件优化及性质被引量：16
- 2009年
- 采用Box-Benhnken中心组合试验设计及响应面分析法优化热水提取罗非鱼鱼皮胶原蛋白工艺,得到最佳提取工艺为:4℃条件下用0.213mol/L盐酸浸泡鱼皮21min(料液比1:20,m/V),蒸馏水浸泡(料液比1:7,m/V),42℃水浴提取12.6h,最终得到的胶原蛋白含量达293.018mg/g,产品甘氨酸、脯氨酸和羟脯氨酸含量丰富。SDS-PAGE实验结果表明胶原蛋白中含有α1、α2和β链,是典型的Ⅰ型胶原蛋白,凝胶强度为682g,特性黏度为1.461dl/g。
- 杨贤庆张帅郝淑贤李来好吴燕燕石红黄卉
- 关键词：罗非鱼鱼皮胶原蛋白热水提取凝胶强度
