刘志亮
- 作品数：4 被引量：24H指数：3
- 供职机构：海南大学海洋学院更多>>
- 发文基金：海南省自然科学基金海南省教育厅高等学校科学研究项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用被引量：11
- 2010年
- 为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。
- 齐兴柱骆剑刘志亮胡静朱晓平彭艳辉尹绍武
- 关键词：DNA条形码系统树
- 波纹裸胸鳝线粒体DNA D-loop多态性分析被引量：1
- 2011年
- 对分布于我国海南东部海域的波纹裸胸鳝群体(n=21)的mtDNA D-loop区987 bp全序列进行了分析。结果表明:21条波纹裸胸鳝D-loop区序列中,A+T平均含量为62.5%;经比对,共检测到177个核苷酸多态位点,约占核苷酸总数的18.7%;D-loop全序列突变类型有5种,即转换158、颠换18、插入2、缺失1及转换与颠换共存1,它们分别占核苷酸多态位点的89.3%、10.1%、0.3%、0.15%及0.15%。由此构建了中国海南沿海21条波纹裸胸鳝的NJ分子系统树,聚类分析表明:所测波纹裸胸鳝的mtDNA D-loop序列表现为2个单倍型组,从而可以看出这21条波纹裸胸鳝可能有2个母系起源,从系统树上来看,它们之间并没有明显的地域差异。
- 刘志亮齐兴柱骆剑朱晓平彭艳辉尹绍武
- 关键词：线粒体DNAD-LOOP多态性
- 波纹唇鱼微卫星分子标记的筛选及适用性分析被引量：8
- 2012年
- 采用磁珠富集法及利用生物素标记的（CA）15寡核苷酸探针从波纹唇鱼（Cheilinusundulatus）基因组DNABspl43I酶切位点的400～1000bp片段中筛选CA／GT微卫星位点。洗脱的杂交片段克隆到PMD18．T载体上构建富集微卫星基因组丈库后，通过PCR筛选出阳性克隆进行测序。在120条序列中有88条序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点，阳性序列比例达到73．33％。其中完美型（perfect）类型微卫星最多的重复次数为26次。在88条非冗长序列中，共有28条r31．82％）微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计。用波纹唇鱼3个个体的混合基因进行引物筛选，其中的24对具有清晰的扩增条带。将筛选的24对引物对波纹唇鱼1个群体的39个个体进行遗传多样性分析，其中4对引物扩增产物为单态，20对扩增产物呈多态性；20对扩增多态的引物在39个个体中扩增出等位基因数为2～12，平均有效等位基因数为3．5。该波纹唇鱼群体的P／C、Ho，He的平均值分别为0．0782、0．8513、0．5667。这20个微卫星位点适于波纹唇鱼群体遗传结构的研究分析。
- 彭艳辉骆剑尹绍武朱晓平胡静刘志亮祝斐齐兴柱胡亚丽
- 关键词：微卫星分子标记磁珠富集法
- 云斑尖塘鳢微卫星分子标记的筛选与检测被引量：5
- 2012年
- 用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列,由所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型,其中43个微卫星序列重复次数在10以上。所获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除探针中使用的CA重复单元和GA重复单元外,还有TAC等其他类型的重复单元。设计合成38对微卫星引物,其中29对引物可稳定扩增出条带,使用这些引物对云斑尖塘鳢48个个体进行检测显示:观测杂合度平均值为0.63,期望杂合度平均值为0.43。29对引物中1对引物表现为单态,7对表现为高度多态,14对表现为中度多态,7对表现为低度多态,多态性较为丰富,说明本研究开发的绝大部分微卫星分子标记较为理想。
- 朱晓平骆剑尹绍武胡亚丽胡静祝斐刘志亮彭艳辉
- 关键词：云斑尖塘鳢微卫星分子标记磁珠富集法
