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蛋白质中的长距离非线性相关: 别构相互作用在蛋白质中是普遍存在的。在蛋白质中或蛋白质间信号是如何进行长距离传递的，这仍然是一个难题。目前关于蛋白质网络的研究主要局限在静态结构，以分子动力学模拟为基础的运动相关性研究以线性相关为主。我们发现在许多蛋白质...; 龙施洋田圃; 关键词：变构效应

辽宁省东部山区长角血蜱中SFGR DNA的检测和序列分析被引量：2: 2018年; 目的调查辽宁省东部地区蜱类携带斑点热群立克次体(SFGR)情况及种型分布。方法采集辽宁省本溪、宽甸长角血蜱,提取DNA,采用PCR扩增SFGR ompA基因,并进行测序和聚类分析。结果 65份(368只)长角血蜱标本有7份扩增出SFGR OmpA基因片段,阳性率为10.77%。对其中3份标本的扩增片段(BH36、BH30、KD9)测序后进行聚类分析,ompA基因序列与SFGR河北株暂定种Candidatus R.hebeiii(HQ651815、HQ651817)同处于一个分支,同源性为99.83%~100%;与R.heilongjiangensis和R.japonica遗传距离较近,与其他SFGR遗传距离较远。结论辽宁省东部地区长角血蜱携带SFGR Candidatus R.hebeiii,且感染较普遍。; 王卓王建伟杨慎江于淼寇庆河冯立王秀红田圃吴益民; 关键词：斑点热群立克次体长角血蜱 PCR

一种基于片段拓补序的有向无环泛基因组图构建方法: 本发明公开基因组图构建技术领域的一种基于片段拓补序的有向无环泛基因组图构建方法，包括给定目标图，取出待加入完整序列，生成序列路径、以图节点的权重作为依据，对序列路径节点进行锚点查找、遍历序列路径中的匹配节点集，将拓补序坐...; 田圃赖潇

一种流形进化图构建方法、装置、设备及可存储介质: 本发明适用数据处理技术领域，提供流形进化图构建方法、装置、设备及可存储介质，包括：构建基本组分序向量树；基本组分序向量树包括至少一个主序列节点及主序列节点的基本组分序向量和权重向量；根据主序列节点的基本组分序向量和权重向...; 田圃; 文献传递

有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法: 本发明公开了序列比对技术领域的有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法，步骤如下：对有向无环泛基因组图进行比对前预处理获得Viterbi图，训练图和比对参考图，然后将比对参考图中最长的比对参考路径的长度作为叠瓦...; 田圃赖潇栾海鑫

东北地区蜱传斑点热群立克次体的分子流行病学研究被引量：10: 2018年; 目的调查东北地区蜱感染斑点热群立克次体(SFGR)情况及其种型分布。方法 2012-2014年5-6月,采用人工布旗法在东北3省9个市(县)和黑瞎子岛不同生境采集游离蜱以及家畜(牛、羊)体表寄生吸血蜱并鉴定;采用PCR方法对蜱种进行检测,对检出的阳性样本进行测序和序列分析,并建立分子系统进化树。结果蜱的SFGR阳性率为11.43%,不同地区SFGR阳性率差异无统计学意义(χ~2=7.683,P=0.566);不同蜱种SFGR感染率差异亦无统计学意义(χ~2=6.354,P=0.174)。5份嗜群血蜱标本及1份日本血蜱标本、1份森林革蜱标本与Rickettsia heilongjiangensis 054株(AF179362.2)和HL-93株(AF179364.1)聚为一支,同源性为99.30%~100%;3份长角血蜱标本与Candidatus R.hebeiii(QHD-3.HQ651817.1、TS-1.HQ651818.1、QHD-1.HQ651815.1)聚为一支,同源性为99.83%~100%;4份森林革蜱标本与R.sp.Dn S14(AF009130.2)和吉林株R.sp.JL-02(AY093696.1)聚为一支,同源性为98.79%~100%。结论东北地区蜱类SFGR感染普遍,存在感染SFGR蜱种的多样性和SFGR基因型多样性特点,提示该地区人群应重视对蜱传斑点热的防护,同时应加强患者症状的鉴别与诊断能力。; 王卓王建伟于淼邢悦鹏冯立杨义军王秀红田圃吴益民; 关键词：斑点热群立克次体聚合酶链式反应

自然折叠状态下溶菌酶主链构象分组及熵与能量的分析: 本文主要研究在于次毫秒级时间尺度上,对溶菌酶自然折叠状态下进行分子动力学模拟,用以研究整个溶菌酶在自然折叠状态下的构象空间,来分析溶菌酶在自然折叠状态下结构与功能的热力学与动力学关系。我们采用主链二面角分组方法,同时区分...; 王凯田圃; 关键词：分子动力学模拟; 文献传递

蛋白质构象空间及相关性对蛋白质构象空间的影响: 自然折叠状态下的蛋白质有较为稳定的构象,我们通过分子模拟的方法对自然折叠状态下蛋白质的构象空间进行研究.我们对溶菌酶(含129个氨基酸)进行了200um的分子动力学模拟,分别对主链和侧链二面角进行分组(对一个二面角,两个...; 龙施洋田圃; 关键词：互信息; 文献传递

东北边境地区啮齿动物中新埃立克体感染调查及groEL基因序列分析被引量：7: 2019年; 目的了解东北地区啮齿动物新埃立克体(Candidatus Neoehrlichia mikurensis,Nm)感染及基因型分布情况。方法采用巢式PCR检测从辽宁省宽甸、吉林省集安林区及黑龙江省密山耕地捕获的啮齿动物中Nm groEL DNA,对阳性扩增产物进行测序和遗传进化分析。结果 PCR检测鼠脾标本共181份,阳性5份,阳性率为2.76%。不同地区及不同鼠种Nm检出阳性率无明显差异。遗传进化分析显示,从宽甸、集安黑线姬鼠和大林姬鼠检出的5份Nm groEL基因序列与俄罗斯亚洲地区以及我国东北地区Nm同源性最高,基因型为ClusterⅠ型。结论我国东北东部边境地区鼠类存在Nm感染,可能存在Nm自然疫源地。; 王卓王建伟于淼冯立王秀红许志伟田圃吴益民; 关键词：宿主动物 PCR

不同时间尺度下α-氨基酸主链二面角的相关性研究: 信号如何在蛋白质内部传导在生物学领域是一个十分重要的问题。因为目前计算机的计算能力仍然有限，所以单纯依赖分子动力学模拟方法很难探究蛋白质在长时间尺度下的内部信号传导问题。; 杜泊船田圃

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田圃