马云龙
- 作品数：6 被引量：58H指数：4
- 供职机构：华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金国家生猪现代产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学更多>>
- 全基因组选择模型研究进展及展望被引量：25
- 2019年
- 全基因组选择是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,可通过早期选择缩短世代间隔,提高育种值估计准确性等加快遗传进展,尤其对低遗传力、难测定的复杂性状具有较好的预测效果,真正实现了基因组技术指导育种实践。随着芯片和测序技术日趋成熟,高密度标记芯片检测成本不断降低,全基因组选择模型的不断升级和优化,预测准确性不断提高,全基因组选择已成为动物遗传改良的重要手段和研究热点。目前,全基因组选择已经成为奶牛遗传评估的标准方法,并取得重要进展,在其它物种中的应用正在逐步开展。本文主要对全基因组选择的统计模型发展进行综述,总结全基因组选择在动物遗传育种中的应用现状,讨论当前存在的问题,并对全基因组选择模型的发展方向和应用前景进行展望。
- 尹立林马云龙项韬朱猛进朱猛进余梅刘小磊李新云
- 关键词：全基因组选择育种
- 猪3号染色体上与产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的标记鉴定被引量：1
- 2020年
- 试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点(rs338309012和rs335824784),利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状(包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等)及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联(P<0.05),AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型(P<0.05);rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联(P<0.05),与产活仔数和死胎数极显著关联(P<0.01),不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG>CG>CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG
- 王围围肖玉净马云龙刘向东李新云余梅
- 关键词：繁殖性状SNP
- 基于选择信号分析揭示猪终端父本群体间性状趋同的关键基因被引量：1
- 2022年
- 【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(iHS)和等位基因频率差(△AF),分别取前5%作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对iHS、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的iHS、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号。【结果】iHS结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb。基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb。基于合并后的iHS和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因。【结论】皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考。
- 李望娇彭夏宋徽董文君李新云赵书红马云龙
- 关键词：皮特兰猪杜洛克猪
- 恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究被引量：14
- 2019年
- 旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明, 16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积。此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头。基于CLR方法共检测到126个显著选择信号候选区域,总长约为51.6 Mb,占基因组总长的2.1%。利用iHS方法,共发现248个显著选择信号候选区域,长度约为78.78 Mb,约占基因组总长的3.2%。富集分析表明,与选择信号区域重叠的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关。研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势。选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据。
- 吴林慧孙琦王荔茹张凯丽谢胜松李新云赵书红马云龙
- 关键词：亲缘系数近交系数
- 畜禽选择信号检测方法及其统计学问题被引量：12
- 2018年
- 畜禽选择信号的研究随着基因组大数据的爆发式增长,已经成为目前畜禽群体遗传学研究与重要经济性状基因定位的一个重要手段。使用恰当的选择信号方法,了解选择信号检测中的统计学问题,对于准确解析畜禽适应性进化的潜在遗传机制,精细定位重要经济性状的候选基因具有重要的意义。围绕畜禽基因组选择信号研究概况,本文对选择信号的概念、检验统计量类别、畜禽选择信号检测的影响因素及相关统计学问题进行了综述,以期为进一步拓展选择信号的研究思路提供参考。
- 薛周舣源宋显威吴林慧王露珍崔家安孙章健张政马云龙
- 关键词：畜禽
- CRISPR/Cas9技术在分子生物学创新性实验教学中的应用被引量：7
- 2016年
- 实验教学是高校分子生物学专业人才培养过程中不可或缺的关键环节,开发综合性和设计性实验项目可提高分子生物学实验教学的质量。CRISPR/Cas9是近年快速发展起来的基因组编辑技术,目前已成功应用于诸多物种,包括猪、兔和农作物等。以CRISPR/Cas9基因组编辑技术为核心,本实验室开设了一门名为"基因组定点编辑技术在动植物中的应用"创新性实验教学课程。本文详细阐述了实施该课程的教学目标、重点与难点、实验原理、实验步骤及结果等。实践表明,此实验教学项目可巧妙地将生物化学、分子细胞生物学、基因工程技术、生物信息学等多学科知识点有机整合。采用此策略,不仅可巩固与加强学生从分子生物学理论课所学的基础知识,同时有利于提高其综合实验设计能力与培养创新精神。该创新性实验课程内容难度适中,包含有验证性和探索性实验,可在开设分子生物学专业的高校推广与试行。
- 谢胜松刘向东曾翠平马云龙王海燕
- 关键词：教学改革分子生物学创新性实验教学
