李鹏程 作品数:18 被引量:85 H指数:6 供职机构: 教育部 更多>> 发文基金: 贵州省科技厅重大专项 国家自然科学基金 贵州省农业攻关项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 自动化与计算机技术 更多>>
白洗猪PID1基因克隆及序列分析 被引量:2 2016年 本研究旨在对白洗猪磷酸酪氨酸互作结构域1(phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。采用Nest PCR及T克隆技术对白洗猪PID1基因进行克隆测序,运用生物学分析软件分析其结构功能及其在种内及种间的遗传进化关系。结果表明,白洗猪PID1基因CDS区全长654bp,编码217个氨基酸,白洗猪与山东莱芜猪、广西陆川猪PID1蛋白氨基酸同源性为98.2%与97.7%;进化树分析结果表明白洗猪与两个猪种间遗传关系相对较远,种间比对黄牛、牦牛、猕猴、小鼠、眼镜王蛇、人、原鸡、非洲爪蟾、大鼠和斑马鱼PID1蛋白氨基酸同源性依次为96.6%、96.6%、96.3%、95.0%、93.9%、91.7%、90.8%、88.2%、69.7%和67.3%;系统进化树分析表明PID1基因在多物种之间的进化高度保守,结构功能分析表明白洗猪PID1基因功能区主要是编码链氨基酸C端的PTB结构域。本研究成功克隆了白洗猪PID1基因,为探究其对白洗猪肌内脂肪沉积方面的影响及为白洗猪种资源开发利用奠定理论基础。 冯文武 孙振梅 李鹏程 丁玫 许厚强 赵佳福 陈祥关键词:肉质 肌内脂肪 克隆 PTB 白洗猪与杜洛克猪杂交F1代猪肉品质特性研究 被引量:14 2017年 为探究白洗猪与杜洛克猪杂交后代体尺指标、胴体性状及肉品质变化,本试验选择10月龄健康白洗猪16头、白洗猪×杜洛克猪杂交F1代(DBF1)6头测定其体尺指标、屠宰性能及肉品质性状。结果显示,DBF1猪各项体尺指标与白洗猪相比差异不显著(P>0.05),眼肌面积(28.33cm2)、肉色(3.00)、大理石纹(3.50)依然保持在较好水平,不饱和脂肪酸含量(64.33%)、肌内脂肪含量(4.08%)与腿臀比(31.32%)均有所上调,背膘厚(24.69mm)、鲜味氨基酸总量(48.46%)显著或极显著下降(P<0.05;P<0.01),肌肉嫩度及保水能力显著降低(P<0.05)。白洗猪与杜洛克猪杂交后,可在保持其良好的产肉性能、较好的肌肉感官指标和肌纤维嫩度等情况下,提高其后躯载肉性能、瘦肉率及氨基酸种类等,但杂交后肌肉嫩度、营养价值、鲜味、保水能力等方面有所下降。 苑洪霞 王鑫 孙振梅 李鹏程 冯文武 陈祥关键词:胴体性状 肉质品质 贵州地方山羊THRSP外显子1多态性分析 2016年 为了分析贵州山羊甲状腺激素应答蛋白(THRSP)基因的多态性,试验采用PCR产物直接测序法筛选出贵州地方山羊THRSP基因外显子1中对山羊肉质性状有显著影响的单核苷酸多态性(SNPs)位点。结果表明:在2个山羊品种中均检测到THRSP基因的2个SNPs位点分别为A341G、G365A,均为同义突变;位点G365A的A和G等位基因频率在2个品种间的差异较大。利用在线软件预测突变前后的mRNA二级结构及理化特性。说明THRSP基因外显子1的A341G和G365A位点的突变均能引起mRNA结构发生显著改变。 李鹏程 冯文武 孙振梅 许厚强 陈祥关键词:外显子 多态性 黔北麻羊 贵州黑山羊 黔北麻羊与南江黄羊杂交后代屠宰及肉质性能比较 被引量:3 2017年 为进一步探究黔北麻羊杂交改良效果,选取相同饲养条件下同龄的纯种黔北麻羊和南江黄羊(♂)与黔北麻羊(♀)杂交后代南黔F1为试验组合,分别对其屠宰性能、肉质性能、不同组织肌肉纤维、肌肉中氨基酸和脂肪酸组成等方面进行对比分析。结果表明,黔北麻羊与南黔F1母羊在宰前活重、净肉重和胴体重指标差异极显著(P<0.01),在眼肌面积和屠宰率指标差异显著(P<0.05);黔北麻羊与南黔F1公羊净肉率指标差异极显著(P<0.01),胴体重和屠宰率指标差异显著(P<0.05);南黔F1在熟肉率、滴水损失、粗蛋白、粗灰分等指标均优于黔北麻羊。另外,南黔F1肉的总氨基酸(TAA)、必需氨基酸(EAA)、鲜味氨基酸(DTAA)和甜味氨基酸(STAA)含量略低于黔北麻羊肉,但EAA/TAA、EAA/非必需氨基酸(NEAA)、DTAA/TAA以及STAA/TAA含量十分接近;南黔F1较黔北麻羊饱和脂肪酸相对含量仅差0.05百分点,不饱和脂肪酸相对含量较黔北麻羊高出0.06百分点。南黔F1羊的屠宰性能显著高于黔北麻羊(P<0.05),南黔F1肉品品质优于黔北麻羊,说明南江黄羊杂交改良后的黔北麻羊屠宰性能和肉品质均得到了提高。 王鑫 邓位喜 许厚强 苑洪霞 李鹏程 陈祥关键词:黔北麻羊 南江黄羊 屠宰性能 肉质性能 基于组合物种分布模型的海州湾矛尾虾虎鱼空间分布特征及其影响因素研究 被引量:2 2024年 物种的空间分布能够反映个体在空间上的相互关系,是物种与环境长期适应和选择的结果,对物种的生长发育和资源利用等都具有显著影响。本研究基于2013—2022年春季和秋季在海州湾及其邻近海域进行的底拖网调查数据,构建了10种单一物种分布模型(species distribution model,SDM),结合真实技巧统计值(true skill statistic,TSS)和受试者工作特征曲线下面积值(area under ROCcurve,AUC)筛选预测精度和准确性较优的模型作为基础模型,并通过加权的方法分别构建不同季节的组合物种分布模型(ensemble species distribution model,ESDM),以解析矛尾虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)的空间分布特征及其影响因素。结果表明,ESDM能够有效降低单一模型预测的不确定性,提高模型预测的精度,更加准确地解析海州湾矛尾虾虎鱼的空间分布特征。2013—2022年春季,矛尾虾虎鱼集中分布于海州湾西部近岸和南部海域,东部和中北部海域分布较少,分布重心的经度和纬度偏移范围大约为1°;秋季主要分布于海州湾西南部海域,分布重心呈辐射状小幅度移动。本研究发现,与矛尾虾虎鱼空间分布存在显著相关的影响因子为水深、饵料丰度、底层水温和底层盐度,其中饵料丰度是春季最重要的影响因子,水深是秋季最重要的影响因子。本研究在区域尺度上解析了海州湾矛尾虾虎鱼的空间分布特征及其分布重心的变化,并探讨了影响因子重要性的季节差异,可为海州湾矛尾虾虎鱼资源的可持续利用提供参考依据。 陈晓琳 纪云龙 李鹏程 李鹏程 纪毓鹏 张崇良 徐宾铎 薛莹关键词:影响因素 不同处理方法对黔北麻羊同期发情效果的影响 被引量:9 2017年 为了研究不同处理方法对黔北麻羊同期发情效果的影响,试验选择健康空怀母羊于秋季和春季采用不同处理方法进行同期发情处理,试验1组采用羊炔诺酮阴道缓慢释放装置+孕马血清促性腺激素(CIDR+PMSG)法,试验2组采用秋季二次注射氯前列烯醇(PG)法,试验3组采用春季二次注射PG法,从发情率、季节、成本等方面对黔北麻羊发情效果进行分析。结果表明:试验1组的同期发情率(75%)显著低于试验2组(88%)(P<0.05);从成本上看,试验1组的实际成本(69.3元/只)高于试验2组(5.1元/只);从季节上看,试验2组的母羊秋季发情率要高于试验3组。 李鹏程 许厚强 刘登位 骆金红 孙振梅 陈祥关键词:同期发情 黔北麻羊 贵州地方山羊ADAMTS1基因序列多态性及生物信息学研究 被引量:2 2015年 本研究选择黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,分别构建DNA池,结合PCR产物直接测序法分析两品种中ADAMTS1基因外显子2~8中可能与繁殖性状相关的单核苷酸多态位点。结果表明在黔北麻羊和贵州黑山羊两个群体中共检测到ADAMTS1基因的10个SNPs位点,其中该基因第2、5、6外显子中各存在1个SNP位点,依次是C266T、T2210C、C2513A,均引起所编码氨基酸的同义突变,第3、4、6、8内含子中各存在1个SNPs位点,依次是C1073T、A1326G、G2698A、T4261A,第7内含子中同时存在3个SNPs位点,为T3401C、T3045T、T3064C,其中9个SNPs位点(C266T,C2513A,C1073T,A1326G,G2698A,T4261A,T3401C,T3045G,T3064C)为两品种所共有,T2210C仅存在黔北麻羊中。位点A1326G的A和G等位基因频率在检测的两个羊种间差异较大,通过后续的生物信息学分析显示,ADAMTS1基因外显子2的C266T和外显子6的优势突变C2513A的位点变异共同引起m RNA二级结构发生显著改变。 孙振梅 陈祥 龙威海 许厚强 冯文武 李鹏程关键词:黔北麻羊 贵州黑山羊 SNPS 外显子 贵州地方山羊RBP4基因多态性及生物信息学分析 被引量:3 2016年 [目的]对贵州黑山羊和黔北麻羊进行RBP4基因多态位点的筛选,为从分子水平探究RBP4基因对动物繁殖性能的调控机制提供理论依据。[方法]采用DNA混池结合直接测序法分析RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中的单核苷酸多态性,利用生物信息学软件分析SNP位点对RBP4基因mRNA二级结构的影响。[结果]RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中均存在4-T214C突变位点,且为同义突变。生物信息学分析结果表明,外显子4-T214C突变导致RBP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能降低,结构稳定性增大。[结论]在贵州黑山羊和黔北麻羊中检测到RBP4基因外显子4的1个SNP位点,该突变位点影响了RBP4基因mRNA的二级结构。 邓位喜 孙振梅 李鹏程 冯文武 陈祥关键词:黑山羊 黔北麻羊 RBP4 SNPS 生物信息学 山东近海春季口虾蛄空间分布与关键环境因子及生物学特性的关系 被引量:2 2021年 性别和年龄等生物学特征对口虾蛄(Oratosquilla oratoria)栖息地分布有重要影响。为探究口虾蛄空间分布与关键环境因子及生物学特性的关系,本研究基于2017年5月山东近海底拖网调查数据,对获得的口虾蛄样品依据性别和年龄划分,将雌、雄和当年、非当年生口虾蛄相对生物量作为响应变量,利用BP神经网络模型研究口虾蛄的栖息地分布特征,分析不同性别、年龄口虾蛄空间分布和关键环境因子的关系。结果表明,春季雌、雄口虾蛄分布无明显差异,均分布于近岸海域;当年生口虾蛄在各调查站位均匀分布,而非当年生口虾蛄更趋向于近岸集中分布。通过逐步法筛选出经度、表层温度、表层盐度和水深为关键环境因子,对口虾蛄相对生物量有显著影响。雌雄口虾蛄适宜栖息环境存在性别差异,其中在经度120.5°E~121.5°E范围内,雌性口虾蛄的适宜性高于雄性,且对盐度的适宜性相对较高;对低温和水深的适应范围雄性较雌性更好。非当年生口虾蛄对关键环境因子的变化更为敏感,其中当年生对低经度的适宜性高于非当年生口虾蛄,而对较高经度和较浅水深的适宜性较差。本研究通过对不同性别和年龄间的空间分布和关键环境因子的适宜性进行比较、分析,揭示了除环境因素外口虾蛄自身生物学特征对其栖息地和资源量的影响,旨为山东近海口虾蛄栖息地的保护和资源的合理利用提供参考。 李鹏程 李鹏程 张崇良 徐宾铎 任一平关键词:口虾蛄 BP模型 性别 年龄 贵州地方山羊ADIPOQ基因外显子1和3多态性研究 被引量:3 2015年 为分析山羊ADIPOQ基因的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的SNPs位点,本研究以黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,构建池DNA,采用PCR产物直接测序法对2个品种山羊该基因的外显子1和3进行单核苷酸多态性检测,估算各SNPs等位基因频率,并利用在线软件预测不同基因型的m RNA二级结构。结果显示,4对引物扩增片段均存在多态性,共发现5个单碱基突变,分别位于内含子1中的C109G,外显子3中的A730G、G1055A、A1691T和A2244G。利用生物信息学软件对外显子3中的A1691T、A2244G进行分析,结果表明2个SNPs位点均导致编码的m RNA二级结构发生改变。表明ADIPOQ基因在黔北麻羊和贵州黑山羊群体中存在较高的遗传多样性,ADIPOQ位点有望丰富两个山羊品种繁殖性状的研究内容。 孙振梅 陈祥 龙威海 徐厚强 冯文武 李鹏程关键词:山羊 单核苷酸多态性 外显子