刘莎
- 作品数：4 被引量：7H指数：2
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 粪肠球菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立被引量：2
- 2013年
- 目的建立用于检测粪肠球菌的TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative-Polymerase Chain Reaction,FQ-PCR)方法。方法根据粪肠球菌的d-丙氨酸聚连接酶(ddl)基因设计TaqMan FQ-PCR的引物及探针,并使用39种常见致病菌和条件致病菌检测其特异性。将目的基因克隆到质粒中,制作标准曲线,确定方法的检测下限。制备血液模拟标本,直接提取核酸进行检测,探索临床应用的可能。结果在特异性评价实验中,除阳性对照外其余样本均未出现特异性扩增曲线。建立粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法的标准曲线,确定该方法的检测下限为20 copy/管。通过对粪肠球菌血液模拟标本的检测发现,本方法对模拟标本的检测灵敏度为3.9×103cfu/ml。在稳定性评价中,对含菌量为3.9×108、3.9×106和3.9×104cfu/ml的血液模拟标本重复检测10次,结果显示扩增反应Ct值的变异系数(CV)为0.99%～1.84%。结论本研究建立了适用于临床标本检测的粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法。
- 金东于波刘莎刘凯徐建国叶长芸
- 关键词：粪肠球菌
- 儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布研究
- 2015年
- 目的对Gen Bank的1620株大肠埃希菌基因组中儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布进行研究。方法下载Gen Bank现存并公开释放的1620株大肠埃希菌基因组数据,构建数据库,通过序列比对程序BLAST查找分析各菌株携带ibeC情况,使用Clustal X1.83软件对大肠埃希菌代表菌株的ibeC基因序列进行多序列比对。同时应用多位点序列分型方法(multi locus sequence typing,MLST)对1620株大肠埃希菌菌株的分布特点进行分析。用Bio Numerics V4.0软件,对342株不同来源、不同致病性代表菌株及MLST数据库中已经明确分群的72株大肠埃希菌菌株的不同ST型别构建最小生成树,分析菌株之间的种群结构。结果 1620株大肠埃希菌基因组中全部携带ibeC基因,ibeC序列平均相似值为98.21%,MLST将1620株大肠埃希菌菌株分成261个已知ST型,ECOR菌株共有49个ST型别,菌株ST型别与菌株来源关联性不强,不同来源、不同致病型别的菌株分布在不同家系。结论 ibeC基因广泛分布在各类大肠埃希菌中,脑膜炎相关大肠埃希菌与其他致病型大肠埃希菌所携带ibeC基因差异微小,菌株MLST聚类分析显示所有菌株分布广泛,来源复杂,进一步说明ibeC基因非常保守。
- 刘莎金东金东王艺婷王怡婷杨晶周娟许彦梅白向宁濮吉兰瑞廷熊衍文
- 关键词：IBEC基因分布大肠埃希菌
- 应用环介导等温扩增技术快速检测副溶血弧菌被引量：5
- 2012年
- 目的建立基于环介导等温扩增（LAMP）技术的副溶血弧菌快速检测方法。方法针对副溶血弧菌toxR基因序列设计一套LAMP引物，应用LAMP技术对33株副溶血弧菌、22株其他种属细菌及含不同副溶血弧菌参考菌株（ATCC17802）基因组拷贝数（5×10^0-5×10^5拷贝）／μ1）的样品进行检测，对平行样品分别应用普通PCR法和TaqMan探针实时PCR法进行检测，对3种检测方法的特异度、灵敏度及检测下限及反应时间进行比较。结果LAMP技术、普通PCR法、TaqMan探针实时PCR法检测副溶血弧菌的特异度、灵敏度均为100％（分别为22／22，33／33），检测下限分别为5×10^1、5×10^3、5×10^2拷贝）／μ1，反应所需时长分别为22min、3h、50min。结论与普通PCR、TaqMan探针实时PCR检测相比，LAMP技术检测下限低，检测时长短，适于对副溶血弧菌进行快速检测。
- 卢昕王淑京刘莎阚飙逢波
- 关键词：弧菌副溶血性核酸扩增技术环介导等温扩增
- O1和O139群霍乱弧菌超级整合子VchintIA基因的变异
- 2013年
- 目的研究不同血清群(型)霍乱弧菌超级整合子整合酶基因(VchintIA)的变异及其与霍乱弧菌分类的关系。方法使用聚合酶链反应(PCR)和序列测定的方法对VchintIA基因进行扩增和序列分析。结果在实验菌株中,O1El Tor和O139群霍乱弧菌产毒株以及毒素共调菌毛(toxin co-regulated pilus,tcp)基因簇阳性的O1群非产毒株的VchintIA序列完全一致,tcp基因簇阴性的O1群非产毒株的VchintIA序列在核苷酸水平上与产毒株不同,但是在氨基酸水平上相同。O139非产毒株的VchintIA序列在核苷酸和氨基酸水平上均与产毒株的VchintIA不同。结论 O1和O139霍乱弧菌超级整合子VchintIA存在核苷酸和氨基酸水平上的变异,O139非产毒株中VchintIA的变异与其整合子内部的结构可能相关。
- 卢昕杜小莉刘莎阚飙逄波
- 关键词：霍乱弧菌整合酶
