彭小凤
- 作品数：2 被引量：29H指数：2
- 供职机构：中国科学院成都生物研究所更多>>
- 发文基金：四川省科技基础条件平台项目四川省应用基础研究计划项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 基于叶绿体psbA-trnH和核糖体5S rRNA基因间隔区序列的石斛种间和种内鉴别被引量：12
- 2015年
- 采用直接测序法对12种石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列和核糖体5S r RNA基因间隔区序列进行测序,用克隆测序法对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系(各20份样品)psb A-trn H基因间隔区序列进行测序,所得序列采用Squencher4.14拼接后,采用Bioedit 7.0软件对获得的psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列进行序列比对和排序,用Dnasp5.0软件分析序列核苷酸多态性,用MEGA 5.2计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树(NJ树).结果显示,石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列平均长度为742.3 bp,有72个变异位点,其中信息位点33个;核糖体5S r RNA基因间隔区序列平均长度为336.4 bp,存在213个变异位点,其中信息位点139个;以上两个基因片段的组合序列,能对叠鞘石斛、铁皮石斛、球花石斛、细叶石斛、细茎石斛、齿瓣石斛、鼓槌石斛、尖刀唇石斛和金钗石斛等9种石斛进行有效鉴别,可揭示铁皮石斛不同居群间的差异,而且可根据该组合序列中存在的一个单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系进行区分.本研究表明,psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列组合后显示出多序列组合策略在石斛种间和种内的分子鉴别中的优势,可为石斛属植物及药材鉴别提供分子依据.
- 彭小凤何涛淳泽胡亚东万闰兰
- 关键词：石斛分子鉴别单核苷酸多态性位点
- 铁皮石斛尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因(UGP)的密码子偏好性分析被引量：17
- 2014年
- 尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(UDP-Glucose pyrophosphorylase,UGPase)是糖代谢的主要酶类之一.为了解铁皮石斛(Dendrobium officinale)尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因(UGP)的密码子使用特性,运用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序分析自主克隆的铁皮石斛UGP基因(GenBank登录号:KF711982.1)的密码子偏好性,并与其他物种的UGP基因以及基因组进行比较.结果显示,铁皮石斛UGP基因偏好使用A/T结尾的密码子,27种偏好密码子(RSCU>1)中偏好性较强的有TAA和CCU(RSCU≥2).与其他物种的UGP基因密码子使用对比后,发现不同物种UGP基因密码子使用偏好性存在一定差异.在9个所选物种的聚类分析中,发现基于UGP基因CDS序列聚类的进化树比基于RSCU的聚类更与传统的系统发育观点接近.与3种生物基因组密码子使用频率比较发现,与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有23个,与酵母和拟南芥基因组差值较大的均有13个,这预示着铁皮石斛UGP基因在酵母和拟南芥中的表达效率较高.本研究结果为铁皮石斛UGP基因选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平奠定了前期的研究基础.
- 孙晶何涛万闰兰彭小凤淳泽
- 关键词：铁皮石斛密码子偏好性聚类分析
