赵晓南
- 作品数：42 被引量：146H指数：8
- 供职机构：云南省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项云南省应用基础研究基金艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 昆明地区急性呼吸道感染病毒病原谱分析被引量：6
- 2013年
- 目的了解昆明地区急性呼吸道感染病毒病原谱.方法采集急性呼吸道感染患者鼻、咽拭子,采用多重RT-PCR法进行15种呼吸道病毒病原体检测.结果 600例样本中检出病毒144株,阳性率24%,阳性率最高的是RSV(49/600,8.2%),依次是PIV(32/600,5.3%)、HRV(27/600,4.5%)和IFV(27/600,4.5%);不同年龄组呼吸道病毒感染情况不同,≤1岁年龄组病毒检出率最高(72/216,33.3%);不同季节呼吸道病毒感染情况也不同,其中第一季度病毒检出率最高(85/144,59%).结论 2011年昆明地区急性呼吸道感染的主要病原是RSV,患者中儿童检出率最高;第一季度的病毒检出率高于其他季度.
- 李娟向以斌曹艺会赵晓南宁德明伏晓庆
- 关键词：急性呼吸道感染病毒病原学
- 云南省首例人感染H9N2禽流感病例发现与应对被引量：13
- 2017年
- 目的对云南省流感监测中发现的首例人感染H9N2禽流感病例进行调查分析,为进一步防治人禽流感疫情提供科学依据。方法对患者、密切接触者和活禽市场开展流行病学调查,并采集病例呼吸道标本和外环境标本进行实验室检测分析。结果病例有活禽市场暴露史,标本禽流感病毒核酸阳性结果表明,该病例为人感染H9N2禽流感确诊病例,未出现二代病例。病例暴露的活禽市场环境中存在大量禽流感病毒。结论医疗机构加强流感样病例监测和不明原因肺炎监测是及时发现人禽流感病例的重要手段。活禽交易市场定期消毒与休市是降低感染率的关键措施。
- 罗春蕊赵晓南宁德明李多徐闻
- 关键词：流感监测疫情处置
- 云南省陇川县本土新冠疫情溯源和病毒基因组变异解析被引量：1
- 2022年
- 2021年7月14日,云南省陇川县报告了新型冠状病毒肺炎(COVID-19)本土疫情。为了阐明本次德宏州陇川县本土疫情的感染来源和SARS-CoV-2变异情况,我们收集疫情期间采集的9例陇川疫情本土病例和2例陇川境外病例标本进行新冠病毒全基因组测序。通过一系列比较基因组学分析,发现9例陇川疫情本土病例和2例陇川境外病例病毒株基因组序列高度同源,均属Delta变异株(B.1.617.2进化分支),在系统发育树上单独成簇,为同一传播链。9例陇川疫情本土病例和2例境外病例病毒株基因组序列共享38个SNP突变位点和13个缺失。9例本土病例中的4例病毒株均额外增加了1个共享的SNP突变位点,其中2例本土病例病毒株新产生9个核苷酸缺失。这些病毒株S蛋白均发现L452R、T478K、P681R等可能影响病毒传播和免疫逃逸能力的关键性变异位点。该研究表明本次陇川疫情的暴发与发病前14天内德宏州陆路口岸输入病例以及瑞丽2021年7月14日疫情本土病例并无关联性,提示病毒传染源可能来自境外人员。因此,应持续加强边境从业人员和抵边村寨边民的病毒核酸检测以及本土/输入病例基因组变异规律的深入挖掘和监测。
- 张美玲伏晓庆刘照生赵晓南周洁楠
- 关键词：全基因组测序突变位点
- 2016年至2018年云南省住院严重急性呼吸道感染病例监测结果分析被引量：12
- 2020年
- 目的探讨云南省住院严重急性呼吸道感染(SARI)病例流行病学、临床和流感病原学变化特征。方法对2016年1月至2018年12月云南省哨点医院监测到的SARI病例进行流行病学和临床特征调查,并采集咽拭子标本开展流感等呼吸道病毒检测。结果2016年1月至2018年12月,云南省哨点医院SARI病例占同期住院病例的1.20%(717/59917)。检出流感核酸阳性率为4.60%(33/717)。随机抽取的流感阴性SARI病例中,检出其他呼吸道病毒感染阳性率为23.81%(30/126),主要包括呼吸道合胞病毒、副流感病毒和偏肺病毒等。SARI病例主要来源于呼吸内科和儿内科,以青壮年和婴幼儿为主。流感确诊病例以青壮年儿童和老年人为主。并发症主要包括肺炎、呼吸衰竭和急性呼吸窘迫综合征等。SARI病例和确诊流感病例均主要集中于冬春季。SARI%和ILI%变化趋势相似。结论SARI监测作为流感样病例(ILI)监测的有效补充,建议加强呼吸道传染病防控知识的健康宣教,对重点人群推广接种流感疫苗,开展呼吸道多病原检测。
- 赵晓南李多周洁楠张美玲陈瑶瑶孙艳红罗春蕊
- 关键词：流感病毒
- 云南地区28株H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的序列分析
- 2025年
- 为了解云南地区流行的H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的遗传变异情况,并为进一步研究和防控提供依据,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术对2020-2023年云南省部分地区采集的环境标本进行H9N2亚型AIV核酸检测,对阳性标本进行鸡胚病毒分离实验,对分离获得的28株H9N2亚型阳性AIV的血凝素(HA)基因片段进行扩增和测序,利用生物信息软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析,受体结合位点、抗原位点、潜在糖基化等关键位点分析,并构建系统进化树。分析结果显示,28株分离株的HA基因属于欧亚分支Y280为代表的第Ⅰ群,与疫苗株A/chicken/Jiangsu/WJ57/2012在同一分支,核苷酸同源性为90.63%~100%,氨基酸同源性为92.45%~100%,与中国最早分离的疫苗株A/chicken/Beijing/1/1994(H9N2)核苷酸同源性整体较低,为84.18%~85.68%,氨基酸同源性为85.73%~88.72%;28株分离株HA蛋白裂解位点均为PSRSSR↓GLF,受体结合位点存在A198T/V、T163N、N232H、Q234L、Q235M突变,其中Q234L突变具有和人流感受体受体结合的特性;抗原位点仅在234、285、334位点存在变异,其他位点相对保守;分离株存在7~8潜在糖基化位点,主要变异表现在218、492位点的缺失和313、491位点的增加。28株H9N2亚型AIV分离株均为低致病性禽流感病毒,存在人易感位点,与参考株比较发生了一定程度的变异,应加强H9N2亚型AIV病毒的监测,密切关注其变异情况。
- 刘照生周洁楠伏晓庆赵晓南张美玲孙艳红韩晓宇倪瑞泽陈瑶瑶
- 关键词：禽流感病毒H9N2亚型HA基因
- 2014-2017年云南省流感病原体监测结果分析被引量：9
- 2019年
- 目的分析云南省流感病原体的监测结果,为流感防控工作提供科学依据。方法对2014-2017年云南省流感样病例监测资料及病毒分离鉴定结果信息进行描述分析。结果 2014-2017年云南省ILI%呈逐渐下降趋势。2014-2017年全省共检测流感样病例标本86 080份,共分离得到流感毒株4 356株,阳性率为5.06%,由高至低依次为季H3(1 343株,1.56%),By(1 068株,1.24%),新甲H1(993株,1.15%),Bv(929株,1.08%),季H1(21株,0.02%),H7(1株,0.0012%),H9(1株,0.0012%)。云南省的流感以春冬季高峰明显,偶有夏季小高峰出现。不同年龄组的流感病毒阳性率不同,具有统计学差异(■=117.45,P<0.01),其中5～岁年龄组阳性率最高(6.40%)。文山地区分离的流感毒株的阳性率在各地州(市)中是最高的,占10.94%。结论 2014-2017年云南省流感活动强度逐渐降低,不同亚型流感病毒交替流行,各年龄人群和各地区间流行强度、优势毒株不同。
- 周洁楠王佳云李多罗春蕊赵晓南陈瑶瑶徐闻
- 关键词：流感监测
- 昆明市1株人感染H9N2禽流感病毒基因特征分析
- 2023年
- 目的对昆明市1株人感染H9N2禽流感病毒进行全基因组测定,分析病毒基因进化及氨基酸位点变异情况。方法通过real-time RT-PCR方法对病例标本进行流感病毒分型检测,使用MDCK细胞进行病毒分离,应用Illumina Miseq高通量测序仪进行病毒全基因组序列测定,下机数据应用CLC Genomicsworkbench 8.0软件进行拼接,使用Mega 7.0软件对序列进行比对分析和进化树构建。结果病例咽拭子标本检测结果显示甲型H9N2亚型阳性,通过分离培养收获H9N2毒株并进行全基因组序列测定,获得分离株全基因组序列。分离株8个基因片段相似度最高序列来源不完全一致,系统进化分析显示,HA、NA和PB2基因位于G9-like分支,M基因位于G1-like分支,NS1、PB1、PA、NP均位于F/98-like分支。HA基因受体结合位点表现为I155T、H183N、Q226L突变,M1基因上表现为N30D、T215A、V15I突变,M2、NS1、PB1基因上分别存在L55F、P42S、L13P突变,PA基因上存在K356R、S409N突变。结论昆明分离株8个基因片段来源不一致,受体结合特性趋于优先结合人类受体,致病性有增强的趋势,后续应开展更多频次的主动监测及时发现病毒分布变化和变异情况。
- 陈瑶瑶赵晓南孙艳红张美玲周洁楠
- 关键词：禽流感病毒H9N2亚型全基因组测序
- 感染性腹泻患者肠道菌群失衡特征分析被引量：1
- 2024年
- 目的研究不同病原体感染造成的感染性腹泻患者肠道菌群失衡特征,以及拟杆菌属在维持肠道内环境稳态中的作用,为后续感染性腹泻的治疗提供新思路。方法采用三代全长16S rRNA扩增子方法,测定由病毒和细菌等病原感染引起的腹泻患者肠道菌群,同时与健康人群肠道进行对比分析。按照单一细菌感染、单一病毒感染、混合感染以及艰难梭菌感染等对腹泻患者进行分组和分析。结果拟杆菌在健康人群肠道环境中占据绝对的数量和丰度水平,而感染性腹泻患者的拟杆菌门/纲/目/科/属等各分类水平的相对丰度均有下降。α多样性分析结果显示不同组别之间无统计学差异;β多样性中,NMDS和PCoA分析显示健康对照组与感染性腹泻各组中形成了明显的不同聚类群。健康人群肠道菌群的多样性水平高于各感染性腹泻组。物种差异分析表明,由不同病原体感染造成的感染性腹泻患者具有各自不同的优势肠道菌群。单一病毒感染之后以双歧杆菌属作为其优势菌群;单一细菌感染之后以链球菌属为优势菌群;混合感染组中以拉氏梭菌属为优势菌群。艰难梭菌感染组中的埃希菌属和克雷伯菌属是该组中的优势菌群。同时,健康人群肠道中的优势菌群是拟杆菌属。COG功能预测结果显示,健康对照组与各感染组形成了明显不同的聚类群。感染性腹泻各组中的防御机制功能、细胞壁合成、蛋白修饰、细胞分化以及复制和重组等功能均明显降低。结论由不同病原感染造成的感染性腹泻患者出现不同程度的菌群失调特征,肠道菌群的多样性降低,并出现各自的优势菌群。同时,拟杆菌属在维持人体肠道内环境稳态中具有关键作用,为后续感染性腹泻的治疗和研究等领域提供了新的思路。
- 古文鹏吕迪周晓芳贾森泉赵晓南张勇周永明尹建雯黄莉伏晓庆
- 关键词：感染性腹泻肠道菌群拟杆菌属
- 云南省一起人感染H7N9禽流感疫情调查分析被引量：8
- 2018年
- 目的对2017年6—7月云南省一起人感染H7N9禽流感疫情进行调查分析,为进一步防制人禽流感提供科学依据。方法对患者、密切接触者和活禽市场开展流行病学调查,并采集病例呼吸道标本和外环境标本进行检测分析。结果 2017年6—7月云南省文山壮族苗族自治州文山市共报告人感染H7N9禽流感确诊病例5例,分别为流感样病例监测2例、不明原因肺炎加强监测2例和密切接触者调查1例,其中女性3例、男性2例,中位年龄34(4.5～55)岁,4例病例发病前有活禽市场暴露史;5例病例发病至首诊平均时间为2 d,入院3 d,确诊9 d,抗病毒治疗7 d;对病例采取隔离治疗、密切接触者医学观察、阳性活禽市场休市等综合措施后,疫情得到有效控制。结论医疗机构加强流感样病例监测和不明原因肺炎监测是及时发现人禽流感病例的重要手段。活禽交易市场定期消毒与休市为降低感染率的关键措施。
- 罗春蕊周雪花赵晓南李多周洁楠宁德明任瑞琦
- 关键词：流行病学
- 昆明市2009～2013年B型流感病毒血凝素及耐药基因分析被引量：1
- 2016年
- 目的研究B型流感病毒HA、NA全基因序列,为流感防控提供支持。方法从云南省疾病预防控制中心流感实验室分离毒株中挑选代表株进行HA和NA全基因序列分析。结果发现Bv型毒株和标准株比有K129N、K80R、K48E的变异,其中K129N在120环区域,除2009年分离株外,其他Bv株均有75位点的变异。By毒株HA基因相同突变位点比较多,如N116K、S150I、N165Y、S229D、D196N等,云南分离株都有D196N的变异位点,增加了糖基化位点的可能性。研究发现所有的NA基因没有发生耐药性基因的突变,同源性相对比较高,但有基因重组毒株生成。结论云南分离株B型流感病毒突变位点多,并且有重组毒株生成,说明加强监测耐药株的重要性。
- 曹亿会李娟蒋立赵晓南宁德明罗春蕊徐闻
- 关键词：B型流感病毒神经氨酸酶血凝素突变
