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杨坤

作品数：5 被引量：4H指数：1
供职机构：大连理工大学工程力学系更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域：生物学理学医药卫生更多>>

合作作者

文献类型

  • 3篇会议论文
  • 2篇期刊文章

领域

  • 2篇生物学
  • 2篇理学
  • 1篇医药卫生

主题

  • 3篇分子
  • 2篇量子化学
  • 2篇并行计算
  • 1篇蛋白
  • 1篇调蛋白
  • 1篇动力学
  • 1篇信息熵
  • 1篇药物分子
  • 1篇遗传算法
  • 1篇优化设计
  • 1篇有限元
  • 1篇有限元法
  • 1篇量子
  • 1篇量子力学
  • 1篇分子动力学
  • 1篇分子对接
  • 1篇分子能量
  • 1篇钙调蛋白
  • 1篇靶向
  • 1篇靶向分子

机构

  • 5篇大连理工大学
  • 1篇中国科学院

作者

  • 5篇杨坤
  • 5篇王希诚
  • 2篇张海蕾
  • 2篇李洪林
  • 1篇蒋华良
  • 1篇康玲

传媒

  • 1篇计算力学学报
  • 1篇大连理工大学...
  • 1篇2005高性...
  • 1篇第8届全国并...

年份

  • 1篇2010
  • 1篇2009
  • 1篇2007
  • 1篇2005
  • 1篇2004
共 5 条 记 录，以下是 1-5
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排序方式：
一种量子化学的有限元并行算法
本文提出了利用有限元方法中的8节点等参元求解量子化学中的Hartree-fock-slater方程,同时采用并行的迁移式子空间迭代法求解其中的广义特征值问题,计算了Li2和BH分子的基态总能量,获得了令人满意的结果.
张海蕾杨坤李洪林王希诚
关键词：量子化学有限元法并行计算
文献传递
药物分子优化设计方法
虚拟筛选是创新药物研究的新方法,药物优化设计是虚拟筛选的重要组成部分。随着分子生物学、结构生物学、结构基因组、功能基因组学及蛋白质组学的发展,越来越多的生物大分子三维结构被测定,深刻地改变了药物研究与开发的思路和策略,最...
王希诚杨坤康玲
关键词：分子对接优化设计
文献传递
钙调蛋白构象变化路径被引量：4
2009年
根据已发现的钙调蛋白(CaM)打开和闭合两种不同的构象,研究了拮抗剂对构象变化的影响以及CaM全局构象变化路径.首先,进行了含拮抗剂和不含拮抗剂的两种常规分子动力学模拟,结果表明:CaM在独立存在时具有从闭合状态开启的趋势,它的构象动态变化推动了CaM变构功能的实现;拮抗剂具有将CaM的构象变化"锁住"在闭合状态的功能,有利于CaM控制一些激酶和磷酸酶的活性.在此基础上,进一步用靶向分子动力学模拟了CaM从闭合到打开的构象变化过程,得到一条稳定的变化路径和4个可能的过渡态构象.
杨坤张健蒋华良朱维良王希诚
一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法
2010年
提出一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法。首先,通过建立蛋白质复合物解离的多目标优化模型找出一条能耗小、速度快的拉伸分子动力学SMD(Steered Molecular Dynamics)解离路径,然后,沿此路径计算解离自由能。与Jarzynski按平均力势PMF(Potentials of Mean Force)的外推方法相比,本文方法有较高的预测效率,数值算例也给出了与实验值比较的预测精度。通过拉伸分子动力学模拟还可以揭示小配体与蛋白质之间的解离全过程,为药物设计提供重要的结构信息。
杨坤王希诚
关键词：遗传算法信息熵
求解Hartree-Fock-Slater方程的有限元并行算法
本研究利用有限元法计算量子化学中的Hartree-fock-slater方程，采用迁移式子空间迭代法求解离散后的广义特征值问題,在计算了BH分子和LiH分子的基态总能量的基础上,计算了N2分子和CO分子的基态总能量，获得...
张海蕾李洪林杨坤王希诚
关键词：量子化学量子力学分子能量并行计算
文献传递
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