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绵羊CAST基因2型和4型转录本的克隆及特性分析被引量：6: 2009年; 钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)是一种内源性的需要Ca2+激活的钙蛋白酶抑制剂,在肌肉组织的蛋白质降解过程中起重要的调节作用。文章利用牛CAST基因的mRNA序列,通过逆转录RT-PCR首次克隆获得绵羊CAST基因2型转录本和4型转录本的部分cDNA序列,并对序列进行生物信息学分析。CAST基因2型转录本的扩增片段为4385bp,完整的开放阅读框为2361bp,编码786个氨基酸;CAST基因4型转录本的扩增片段为1467bp,完整的开放阅读框为1317bp,编码438个氨基酸。CASTⅡ型蛋白序列存在4个保守结构域,CASTⅣ型蛋白序列存在3个保守结构域;两者的二级结构均以螺旋为主,富含疏水区域,其氨基酸序列存在多个磷酸化位点以及蛋白激酶C(Protein kinase C,PKC)的磷酸化位点。通过RT-PCR分析CAST基因2型转录本和4型转录本的组织表达谱,结果表明CAST基因2型转录本在所检测的10个组织中均表达,CAST基因4型转录本仅在睾丸组织中表达。; 张菊杜立新魏彩虹李宏滨; 关键词：CAST CDNA克隆

一种与绵羊眼肌性状相关的SNP及其应用: 本发明涉及生物工程领域，具体涉及一种利用单核苷酸多态性预测绵羊眼肌性状的方法。用SEQ ID No 2和SEQ ID No3所述的引物对绵羊的总DNA进行PCR扩增，然后再对PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序...; 杜立新魏彩虹张莉张菊路国彬; 文献传递

一种与绵羊背膘性状相关的SNP及其应用: 本发明涉及生物工程领域，具体涉及一种利用单核苷酸多态性预测绵羊背膘性状的方法。该方法用SEQ ID No 2和SEQ ID No 3所述的引物对绵羊的总DNA进行PCR扩增，然后再对PCR扩增产物进行单核苷酸多态性检测，...; 杜立新魏彩虹张莉张菊路国彬; 文献传递

绵羊BTG1基因的半定量RT-PCR及生物信息学分析被引量：2: 2009年; B细胞易位基因1(BTG1基因)是BTG/TOB基因家族的成员之一,在动物细胞的增殖和分化中起重要的作用.利用牛BTG1基因的mRNA序列与绵羊的EST数据库进行Blast检索,并通过序列拼接和逆转录RT-PCR方法首次获得绵羊BTG1基因的部分cDNA序列(GenBank登录号FJ444829),其片段长度为1 358 bp,包括完整的开放阅读框516 bp,编码171个氨基酸.半定量PCR研究结果表明:BTG1基因在小尾寒羊和陶赛特羊的10种组织中均表达,并具有一致的表达趋势.同源分析结果表明,绵羊BTG1蛋白的氨基酸序列中存在BTG/TOB的保守结构域,并且该蛋白在不同物种间具有很高的保守性.通过生物信息学预测BTG1蛋白功能,发现绵羊BTG1蛋白存在1个跨膜结构域、8个磷酸化位点和1个特异性蛋白激酶磷酸化位点.蛋白质结构同源建模分析表明,绵羊BTG1蛋白具有BTG/TOB蛋白家族的典型空间结构.; 张菊杜立新李宏滨魏彩虹; 关键词：CDNA克隆半定量RT-PCR 生物信息学预测

绵羊MC4R基因的半定量RT-PCR及生物信息学分析被引量：13: 2010年; 本研究旨在对绵羊MC4R基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛MC4R基因序列设计引物,采用PCR技术克隆绵羊MC4R基因序列,并利用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;同时对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆的绵羊MC4R基因全长1 919 bp,含有999 bp的完整CDS编码区,编码332个氨基酸。其CDS编码区的核苷酸序列与牛、人、猪、大鼠、小鼠MC4R基因对应序列的同源性分别为95.2%、68.8%、82.7%、76.6%、77.1%,预测的氨基酸序列同源性分别为97.0%、92.8%、93.7%、92.2%、91.6%。组织表达谱分析表明MC4R基因在各组织均不同程度的表达,其中在大脑表达量很高,其他组织较低。生物信息学预测MC4R蛋白功能发现,绵羊的MC4R蛋白存在7个跨膜螺旋结构域,同时预测MC4R存在10个磷酸化位点和1个特异性蛋白激酶磷酸化位点。结果表明,MC4R是一个非常保守的蛋白,在绵羊的生长发育中起着重要作用。; 张菊杜立新李宏滨魏彩虹; 关键词：基因克隆半定量RT-PCR 生物信息学

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张菊