刘昶
- 作品数：44 被引量：331H指数：7
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金南方医科大学南方医院院长基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学轻工技术与工程自动化与计算机技术更多>>
- CPGAVAS2-质体基因组注释与分析工具
- 陈海梅刘昶
- 药食两用藠头叶绿体基因组解析、比较基因组学及系统发育研究被引量：17
- 2019年
- 藠头(Allium chinense)为百合科葱属常用药食两用植物。为探究部分葱属植物系统发育关系不明确及该属物种鉴别通用DNA条形码匮乏的问题,本研究应用高通量测序技术对藠头叶绿体全基因组进行测序、组装、注释及系统进化研究。结果显示藠头叶绿体基因组为152 525 bp,呈典型的四分状结构,共编码116个基因,其中蛋白质编码基因81个,转运RNA (transfer RNA)基因31个和核糖体RNA (ribosome RNA)基因4个。对6个葱属植物叶绿体基因组比较分析发现了7个变异较大的区间,包括基因编码区ndhA和ycf1,以及非编码区rps16-trnQ、trnT-trnF、ndhF-rpl32、rpl32-trnL和rpl16-rps3。利用葱属和非葱属53个物种的58个共有蛋白序列构建了进化树,发现除百合属、重楼属外其余各属物种所在分枝的支持率都达到66%～100%,有效地解决该类植物的系统进化与分类问题。此外,利用EcoPrimer软件成功发现了7个可用于葱属物种鉴定的候选DNA条形码序列并设计了引物。本研究首次获得了藠头叶绿体基因组序列,明确葱属物种间的亲缘关系,发现了一系列葱属物种特异的DNA条形码序列,为深入研究葱属植物的系统进化、分类及物种鉴定提供科学依据。
- 杨俏俏姜梅王立强陈海梅刘昶黄林芳
- 关键词：藠头叶绿体基因组系统发育DNA条形码
- 基于多模态知识图谱的药用植物智能问答系统构建
- 2024年
- [目的/意义]药用植物是中医药学的核心资源之一,加强药用植物信息组织与电子化利用,对中医药的传承与发展具有重要意义。[方法/过程]首先构建药用植物知识图谱的模式层,然后对比《中国药典》一部、TCMID、PPBC、CTD等多个数据库,筛选出265种药用植物,整合多源异构数据,利用Neo4j构建多模态药用植物知识图谱。在此基础上,利用AC自动机进行用户问句实体识别,利用TextCNN完成问句意图识别,实现基于文本的智能回答功能;通过对比VGG、ResNet、DenseNet、MobileNet、EfficientNet等6个图像识别模型,优先选择EfficientNet-B3模型实现基于图像智能问答功能,并引入数据增强、标签平滑方法提升图像识别效率,最终利用Python语言PyQt库实现药用植物问答系统。[结果/结论]构建一个包括药用植物及各植物药方、药材、化合物、图像的多模态知识图谱,包含340772个实体和2530067条关系,基于此构建药用植物智能问答系统,可根据用户的自然语言提问和图片提问反馈查询结果,实验结果表明系统的图像识别准确率达到83.53%。
- 赵豆豆王宇骏刘蕤刘昶
- 关键词：多模态知识图谱药用植物
- 一种对象身份的溯源方法、终端设备及服务器
- 本发明提供了一种对象身份的溯源方法、终端设备及服务器，涉及生物制品身份溯源技术领域，包括：标识信息生成模块，用于基于终端设备发送的注册请求为目标对象生成目标标识信息，其中，目标标识信息中包括目标对象的DNA序列信息，注册...
- 刘昶
- 文献传递
- 物种移动鉴别系统、终端、服务器及方法
- 本发明涉及一种物种移动鉴别系统，包括：通信终端，用于采集被鉴定对象的二维码图像，并向网络侧发送物种鉴定请求，物种鉴定请求中携带二维码图像；物种鉴定服务器，包括物种数据库，用于接收通信终端发送的物种鉴定请求，并对物种鉴定请...
- 刘昶李欢陈士林邢航梁栋
- 文献传递
- 基于层次分析法(AHP)的保健食品原料评价体系构建及分析被引量：15
- 2020年
- 目的建立保健食品原料评价体系(Functional Food Crude Materials Evaluation System,FUFMES),为保健食品原料目录排名提供科学依据与技术保障。方法首先,利用文献调研和多轮专家访谈方法筛选FUFMES的指标并确定其层级关系;第二,使用层次分析法(Analytic Hierarchy Process,AHP)计算指标权重,具体方法是依据专家打分构建判断矩阵,利用R语言进行一致性检验与最大特征根检验,得出各级指标权重;第三,使用极值法计算原料的单个指标值;第四,利用线性加权综合法得到每种原料的评价指数并据此进行排名;最后,将获得的分析结果与专家评价结果进行比较。结果FUFMES包括6个一级指标、39个二级指标、11个三级指标。利用FUFMES对9种保健食品原料进行评价,获得的评价指数依次是:西洋参(0.49)、人参(0.48)、银杏叶(0.21)、灵芝孢子粉(0.08)、鱼油(0.06)、螺旋藻(0.03)、辅酶Q10(0.02)、褪黑素(0.01)、大蒜油(-0.03)。基于该评价指数的排名结果与专家评价结果显示了较高一致性。结论构建了科学、完整的FUFMES,FUFMES将成为保健食品原料目录评价与排名的有力工具,为推进保健食品原料备案制提供科学依据与技术保障。
- 刘蕤陈紫雯华桂丰王立强萨―翼刘昶
- 关键词：保健食品层次分析法灵芝孢子粉辅酶Q10大蒜油
- 毛脉翅果菊完整叶绿体基因组分析
- 李宇宁姜梅王立强陈海梅刘昶
- 鉴定五种山姜属植物的分子标记及其应用
- 本发明公开了鉴定五种山姜属植物的分子标记及其应用，属于植物分子鉴定技术领域。利用本发明分子标记及基于其设计的引物能够有效鉴定区分红豆蔻、海南山姜、黑果山姜、高良姜和益智，有利于山姜属物种分类、质体基因组进化研究以及山姜属...
- 刘昶王立强杨合宇陈海梅
- 文献传递
- 一种基于全基因组测序技术的多种动物源性掺假鉴别方法
- 本发明公开了一种基于全基因组测序技术的多种动物源性掺假鉴别方法，包括如下步骤：1)构建线粒体基因组数据库，将测序数据与线粒体基因组数据库进行比对，提取比对得到的线粒体序列；2)将1)中提取的线粒体序列进行各物种线粒体基因...
- 刘昶姜梅张慧孔凡德唐泰山
- 药用真菌基因组学研究进展
- 常用药用植物(包括药用真菌)有上万种,直接为整个中药及保健品行业提供原材料。深入开展药用植物(真菌)基因组研究,发现与克隆与次级代谢产物合成相关基因、基因簇,并对其进行功能鉴定,这为高效、可控地生产有效化合物提供了技术手...
- 刘昶
- 关键词：基因组学次级代谢产物基因簇
- 文献传递
