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石宝晨

作品数：6 被引量：20H指数：2
供职机构：中国科学院生物物理研究所更多>>
发文基金：国家自然科学基金更多>>
相关领域：生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 5篇期刊文章
  • 1篇学位论文

领域

  • 6篇生物学

主题

  • 2篇生物信息
  • 2篇生物信息学
  • 2篇聚类
  • 2篇基因
  • 1篇单分子
  • 1篇蛋白
  • 1篇蛋白质
  • 1篇蛋白质功能
  • 1篇蛋白质功能预...
  • 1篇蛋白质网络
  • 1篇蛋白质相互作...
  • 1篇蛋白质相互作...
  • 1篇多序列比对
  • 1篇原子力显微镜
  • 1篇人类基因
  • 1篇人类基因组
  • 1篇人类生物学
  • 1篇生理
  • 1篇生物科学
  • 1篇生物信息学方...

机构

  • 6篇中国科学院
  • 1篇广西师范大学
  • 1篇上海交通大学
  • 1篇中国科学院研...
  • 1篇中国科学院上...

作者

  • 6篇石宝晨
  • 5篇陈润生
  • 2篇张治华
  • 2篇吴涛
  • 2篇赵屹
  • 1篇胡钧
  • 1篇吕军鸿
  • 1篇李雪玲
  • 1篇邓巍
  • 1篇熊磊
  • 1篇吕鸣
  • 1篇唐素勤
  • 1篇石秋艳
  • 1篇卢宏超
  • 1篇张勇
  • 1篇王强

传媒

  • 4篇生物化学与生...
  • 1篇科学通报

年份

  • 1篇2007
  • 4篇2006
  • 1篇2004
共 6 条 记 录，以下是 1-6
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排序方式：
生物信息学研究的三个方面——从对生物学实验研究的技术支持、数据分析到对高通量数据整合的算法研究
在攻读博士学位期间，笔者主要在如下三个方面从事了一些生物信息学的研究工作，包括对实验生物学的生物信息学技术支持、数据分析以及应用聚类方法在高通量数据的整合分析方面进行了探索。　　 基于合作单位在单分子操纵和纳米PCR扩...
石宝晨
关键词：生物科学生物信息学数据分析层次聚类算法
基于蛋白质网络功能模块的蛋白质功能预测被引量：8
2006年
在破译了基因序列的后基因组时代,随着系统生物学实验的快速发展,产生了大量的蛋白质相互作用数据,利用这些数据寻找功能模块及预测蛋白质功能在功能基因组研究中具有重要意义.打破了传统的基于蛋白质间相似度的聚类模式,直接从蛋白质功能团的角度出发,考虑功能团间的一阶和二阶相互作用,提出了模块化聚类方法(MCM),对实验数据进行聚类分析,来预测模块内未知蛋白质的功能.通过超几何分布P值法和增、删、改相互作用的方法对聚类结果进行预测能力分析和稳定性分析.结果表明,模块化聚类方法具有较高的预测准确度和覆盖率,有很好的容错性和稳定性.此外,模块化聚类分析得到了一些具有高预测准确度的未知蛋白质的预测结果,将会对生物实验有指导意义,其算法对其他具有相似结构的网络也具有普遍意义.
卢宏超石秋艳石宝晨张治华赵屹唐素勤熊磊王强陈润生
关键词：蛋白质相互作用网络蛋白质功能预测聚类
一种基于单分子纳米操纵的有序化测序策略被引量：2
2006年
尽管包括人类在内的许多生物物种的基因组测序工作已经完成,但由于现有测序技术的限制,大部分复杂基因组还存在很多大大小小的缺口.缺口的填补以及对其他重复序列区域的测序迫切需要全新的思路和技术.基于在DNA单分子定位切割和拾取方面的实验进展,提出了一种基于原子力显微镜纳米操纵技术的单分子有序化测序策略.计算机模拟的结果表明,这一方法和策略是可行的,有助于解决目前测序工作中所遇到的一些棘手问题.
吕鸣石宝晨李雪玲吕军鸿陈润生胡钧
关键词：DNA单分子原子力显微镜
1%人类基因组DNA元件解译 基因组结构的传统认识受到挑战 变人类基因组“天书”为“百科全书”的重要一步被引量：2
2007年
继“人类基因组计划”后生命科学领域最大的国际合作计划之一——“DNA元件百科全书”计划(Encyclopedia of DNAElements,ENCODE)日前发表了一系列重要文章报告了其示范期完成的1%人类基因组的解码情况.这些成果由来自11个国家的35个小组合作完成,挑战了人们对于人类基因组的传统认识,即人类基因组不是由孤立的基因和大量“无用DNA片段”组成的,基因组本身就是一个复杂的网络系统,有着多层次的精细调控规则.ENCODE计划示范期(1%人类基因组解码)的成果为进一步解译人类基因组这部“天书”开辟了道路,刷新了我们关于基因的概念,成为人类生物学研究史中又一座里程碑.同时,大量的“非编码RNA基因”仍旧是生命科学天空中的“一朵乌云”,其未知的功能尚待探索.
吴涛石宝晨陈润生
关键词：百科全书非编码RNA基因人类生物学
RNA干涉现象的发现与研究进展——2006年诺贝尔生理学或医学奖简介被引量：8
2006年
RNA干涉现象以一种非常明确的方式抑制了基因表达,对于基因表达的调控、病毒感染的防护、控制跳跃基因具有重要的意义.它已被作为一种强大的“基因沉默”技术被用于全球的实验室,而且,会推动新的医疗技术的出现.
吴涛石宝晨陈润生
关键词：RNARNA基因基因沉默
用生物信息学方法发现跨染色体剪接的嵌合5'/3'UTRs
2004年
mRNA的5/3UTRs是在mRNA翻译过程中起重要调控作用的序列,在5/3UTRs上不正常的剪接模式可能导致多种严重疾病.提出了一种基于大规模序列比对分析搜寻5/3UTRs跨染色体剪接现象的方法,并用此方法得到8例可信度高的跨染色体的5/3UTRs剪接事件,从信息的角度证实了来自不同染色体序列剪接成为5/3UTRs的现象是真实存在的.对这8例跨染色体剪接产生的5/3UTRs用多序列比对在剪接区域没有发现一致保守的motif.同时,目前的预测算法也不能在剪接区域检测到特异性的RNA二级结构,因此很难确定引导5/3UTRs跨染色体剪接的信号.
张治华张勇石宝晨邓巍赵屹陈润生
关键词：染色体生物信息学剪接RNA二级结构嵌合多序列比对
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