于敏
- 作品数：13 被引量：39H指数：3
- 供职机构：中国海洋大学海洋生命学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 青岛近海沉积物生物被膜中密度感应及密度感应淬灭细菌多样性被引量：2
- 2019年
- 【背景】细菌密度感应(Quorum sensing,QS)是指细菌利用分泌的信号分子进行相互交流的现象,而密度感应淬灭(Quorumquenching,QQ)是指通过干扰信号分子的产生、释放、积累或应答从而阻抑密度感应通路。【目的】探究青岛近海沉积物生物被膜中密度感应和密度感应淬灭细菌的多样性。【方法】采用海水培养基2216E从青岛近海沉积物生物被膜中分离获取可培养细菌,采用平板交互划线和高通量筛选的方法分别筛选具有密度感应和密度感应淬灭的菌株。【结果】共分离获得83株共54种具有密度感应和密度感应淬灭的细菌,分属于四大细菌门类:变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门。其中,38株(45.8%)可以产生酰基高丝氨酸内酯(Acyl-homoserine lactone,AHL)类信号分子,它们分属于变形菌门(37株,15种)和拟杆菌门(1株,1种),优势属为弧菌属和鲁杰氏菌属;能够降解AHL类信号分子的有57株(68.7%),在变形菌门(41株,23种)、拟杆菌门(14株,10种)、厚壁菌门(5株,5种)以及放线菌门(1株,1种)中均有分布。【结论】在青岛近海沉积物生物被膜可培养细菌中,具有密度感应和密度感应淬灭现象的菌株具有很高的丰度和多样性,为后续生态学意义的研究与海洋微生物的开发提供了参考。
- 田晓荣于敏李蓓杜瑞张静静张晓华
- 关键词：生物被膜密度感应
- 海藻叶面附着细菌群落生理特性与荧光原位杂交分析被引量：3
- 2009年
- 实验对青岛沿海10月的石莼以及5月的石莼和裙带菜的叶面附着细菌群落进行了Bi-olog碳源利用实验,结果表明不同海藻表面的细菌群落碳源利用有较大的差异,且同一种海藻不同的采集时间其细菌群落也有较大的差异。荧光原位杂交方法表明采用EUB-fluo探针比SYBR-Green染色的效果要好;γ-Proteobacteria在不同海藻表面占据了较高的比例;裙带表面观察到了一些特异性链珠状细菌;石莼表面的细菌形态展示了较高的多样性。从海藻表面分离的优势菌落中分离到1株细菌,16SrDNA测序表明该序列与已知的Pseudoaltero-monas16S rDNA序列的相似性为99.9%。本研究为海洋无环境公害防污材料的研究提供了一些新的思路。
- 孙进于敏任晓亮张月月宋福来祁自忠
- 关键词：BIOLOGFISHRDNA
- 青岛近海样品中聚丙烯微塑料降解微生物的富集培养及活性研究被引量：5
- 2021年
- 本文以PP为唯一碳源对青岛近海海水和沉积物样品中的微生物进行实验室富集培养,对不同富集时间的富集水样及微塑料附着细菌的群落结构进行分析并对富集40 d的PP附着细菌进行分离、鉴定及PP降解活性检测。通过16S rRNA基因高通量测序及分析,发现PP附着细菌出现明显的群落演替,群落多样性随富集时间的延长而增大。PP附着细菌在富集过程中,γ-变形菌纲假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter)细菌占绝对优势,其次为α-变形菌纲扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia)及拟杆菌纲(Bacteroidia)细菌。富集培养获得的铜绿假单胞菌LXI681(Pseudomonas aeruginosa)和反硝化无色杆菌LXI668(Achromobacter denitrificans)对PP具有降解活性。本研究为缓解PP微塑料污染提供了潜在的微生物菌种资源。
- 李肸张晓华于敏
- 关键词：生物降解
- 海洋细菌素的研究进展被引量：2
- 2012年
- 在自然环境中，有些微生物通过抑制或杀死另一种微生物的拮抗作用来获得竞争优势。有的细菌产生细菌素，可杀死与其亲缘关系相近种。细菌素通常是指由细菌分泌的、对同种或其他亲缘关系很近的细菌有抑制作用的一种蛋白类抑菌物质。细菌素的蛋白质性质以及多种明显区别于抗生素的优点，使其具有广阔的应用空间。据报道，海洋细菌中的多个属种都具有抑制其他海洋细菌或各种动植物病原菌生长的活性。海洋细菌作为发现细菌素的潜在重要来源，受到了越来越多的关注，
- 王树杉于敏张晓华
- 关键词：海洋细菌细菌素亲缘关系病原菌生长拮抗作用抑菌物质
- 东太平洋结核区可培养细菌的多样性研究被引量：3
- 2017年
- 东太平洋结核区位于东北太平洋,在深海海底含有丰富的多金属结核,而微生物在多金属结核的形成过程中发挥着重要的作用。本研究通过DY29航次获得了该区域多个实验样品,包括结核、结核覆盖的沉积物、无结核覆盖的沉积物和底层海水,并对这些样品进行了细菌的分离培养和活性检测。结果表明,东太平洋结核区拥有丰富的微生物资源,共分离保藏细菌1 200株,其中402株细菌完成16SrRNA基因测序,分属于4个门,65个属和135个种。4个门分别为变形菌门(Proteobacteria,占81.59%)、放线菌门(Actinobacteria,占8.21%)、厚壁菌门(Firmicutes,占8.21%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,占1.99%);优势属为盐单胞菌属(Halomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、亚硫酸盐杆菌属(Sulfitobacter)等。两种沉积物样品中可培养放线菌门和厚壁菌门的细菌丰度较高,结核中分离得到的细菌包含较高比例的α-变形菌纲,4种样品类型中γ-变形菌纲的细菌均占最大比例。对结核样品分离得到的细菌进行酶学性质检测发现具有过氧化氢酶及酯酶(吐温20和吐温40)活性的菌株所占比例较高,并首次筛选出一些未报道的具有锰氧化能力的菌株。综合以上结果,东太平洋结核区不同样品的可培养细菌多样性较高,微生物资源丰富,而具有锰氧化能力菌株的分离鉴定对研究深海多金属结核的形成及深海矿产资源的开发都具有重要的意义。
- 程景广于敏戴晓风张增虎刘娜安可史晓翀张晓华
- 关键词：可培养细菌酶学性质锰氧化细菌16SRRNA基因
- 冲绳海槽热液区可培养硫氧化细菌多样性及其硫氧化特性被引量：20
- 2019年
- 冲绳海槽热液区独特的地质环境孕育了特殊的生物群落,硫氧化细菌作为生物地球化学循环的重要参与者在热液生态系统中发挥着至关重要的作用。【目的】通过硫氧化菌株的分离培养揭示冲绳海槽热液区可培养硫氧化细菌的多样性和硫氧化活性。【方法】采用多种培养基对冲绳海槽热液区不同沉积物样品中的硫氧化细菌进行富集培养和分离纯化;利用16S rRNA基因序列确定硫氧化细菌的分类地位并进行系统发育分析;采用碘量法对典型硫氧化菌株硫氧化活性进行检测。【结果】本研究从冲绳海槽热液区样品中共分离鉴定85株硫氧化细菌,分属于α-变形菌纲、γ-变形菌纲、放线菌门和厚壁菌门,优势属为氢弧菌属(Hydrogenovibrio)、拉布伦氏菌属(Labrenzia)、深海海旋菌属(Thalassospira)和海杆状菌属(Marinobacter)。硫氧化活性检测结果表明,7株典型硫氧化菌株对硫代硫酸钠的降解活性介于31%–100%之间,其中泰坦尼克号盐单胞菌SOB56 (Halomonas titanicae SOB56)、南极海杆状菌SOB93(Marinobacter antarcticus SOB93)、印度硫氧化粗杆菌SOB107 (Thioclava indica SOB107)和嗜温氢弧菌CJG136 (Hydrogenovibrio thermophiles CJG136)可以完全降解硫代硫酸钠。【结论】冲绳海槽热液区可培养硫氧化细菌的多样性丰富,为研究该热液区的硫循环过程提供了实验材料和理论基础,多种硫氧化活性菌株的获得极大地丰富了菌种资源,为探究深海热液区硫循环的能量代谢途径和分子机制奠定基础。
- 杜瑞于敏程景广张静静田晓荣张晓华
- 关键词：多样性
- 葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
- 2025年
- 栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异,探究其在极端海洋生境下的适应机制。通过全基因组测序获得葡萄牙栖盐田菌LLJ914全基因组序列,选取同属其他菌株的基因组进行比较基因组学分析,探究栖盐田菌属各菌株及不同环境来源的葡萄牙栖盐田菌代谢潜力的差异。菌株LLJ914基因组大小为4781556 bp,GC含量为64.0%,共编码4229个蛋白,69个tRNA,12个rRNA。通过构建系统发育树,并进行平均核苷酸和平均氨基酸一致性分析,发现该菌株与马齿苋(Halimione portulacoides)内共生的葡萄牙栖盐田菌CR50^(T)亲缘关系最近。通过功能基因注释分析,发现葡萄牙栖盐田菌具有抵抗各种重金属的相关基因和利用甲基膦酸产生甲烷的phn基因簇;相比于植物内共生菌CR50^(T),菌株LLJ914基因组中包含更多与氨基酸和碳水化合物的运输代谢、能量生产和转换以及转录相关的功能基因。此外,菌株LLJ914基因组中还包含特有的与重金属抵抗、免疫防御及有氧呼吸相关的基因,这可能与其适应复杂极端的深海热液环境有关。本研究揭示了葡萄牙栖盐田菌LLJ914适应深海热液环境的遗传特征及代谢潜力,为更好地认识热液微生物的生态功能提供了参考。
- 李娟娟刘子涵王雅楠刘莉君张晓华于敏
- 关键词：极端环境热液区冲绳海槽全基因组测序
- 两株海洋来源分枝菌酸小杆菌属细菌的比较基因组学分析
- 2025年
- 为了解决分枝菌酸小杆菌属(Mycolicibacterium sp.)菌株的遗传特征及代谢潜力不明的问题,本研究对分离自东海和马里亚纳海沟的两株菌株LZB054和YHM108及其相近菌株进行了深入的比较基因组学分析。采用全基因组测序获得菌株LZB054和YHM108的基因组序列,并基于16S rRNA基因和单拷贝核心基因的系统发育分析明确了它们的分类地位,随后,对两株菌以及同属参考菌株的基因组基于不同数据库进行功能注释及比较分析。菌株LZB054和YHM108基因组大小分别为6149381和6164082 bp,GC含量分别为67.99%和67.87%,分别编码了5761和5848个基因。系统发育分析结果显示,这两株菌株虽为同种,但通过DNA杂交(DNA-DNA hybridization,DDH)发现,它们与最相似菌株之间的相关性值均小于70%,初步判断它们为该属的潜在新种。通过功能注释分析发现,与脂肪转运代谢、转录和次级代谢物生物合成相关的功能基因占比较高。分离自东海的LZB054菌株携带锰铁运输蛋白编码基因,而来源于马里亚纳海沟的YHM108菌株则具有胶质酸和生物膜转录调节蛋白编码基因、甲酸氧化以及甲烷氧化功能基因。此外,两菌株均富含多种葡萄糖苷酶、磷脂酰肌醇甘露基转移酶和糖原磷酸化酶等碳水化合物活性酶,并拥有10种以上的次级代谢产物合成基因簇以及烷烃降解基因,展现出极高的潜在应用价值。本研究通过比较基因组分析,揭示了两株分枝菌酸小杆菌属潜在新型菌株LZB054和YHM108的基因组特征和代谢潜力,从而为深入研究它们对海洋环境的适应机制以及后续的开发利用提供了数据基础和理论支撑。
- 周羿于敏张晓华张晓华
- 关键词：全基因组测序
- 冲绳海槽热液区可培养硫氧化细菌多样性及其硫氧化特性
- 冲绳海槽热液区独特的地质环境孕育了特殊的生物群落,硫氧化细菌作为生物地球化学循环的重要参与者在热液生态系统中发挥着至关重要的作用. 目的：通过硫氧化菌株的分离培养揭示冲绳海槽热液区可培养硫氧化细菌的多样性和硫氧化活...
- 杜瑞于敏程景广张静静田晓荣张晓华
- 关键词：种群多样性
- 褐杆菌L2的抑菌活性与抑菌蛋白研究被引量：3
- 2018年
- 褐杆菌属细菌的多个种均具有较强的抑菌活性。本实验室分离到一株褐杆菌属细菌L2,经16SrRNA基因序列测定与分析,菌株L2与抑菌褐杆菌(Phaeobacter inhibens)DSM 16374T相似性为99.86%,亲缘关系最近;采用牛津杯法测定菌株L2的抑菌谱,L2可以显著抑制大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、鳗弧菌和芽胞杆菌的生长,且在培养72h后抑菌活性最强;对菌株L2的胞外蛋白进行胶内活性检测,确定了具有抑菌活性的蛋白条带,质谱测序分析结果显示菌株L2的抑菌蛋白与金丽假交替单胞菌JG1分泌的抑菌蛋白的相似性为29.8%,推测其为一种L-氨基酸氧化酶。本研究为进一步将菌株L2及其活性产物应用奠定了基础。
- 蔡秀磊蔡秀磊单虎于敏
- 关键词：抑菌活性抑菌蛋白
