程功
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 肠道微生物宏基因组文库构建及酯解酶基因筛选
- 2013年
- 利用宏基因组学方法,以人肠道微生物样品为原材料,构建了1个约30 000个克隆的fosmid文库。以三丁酸甘油酯为底物,通过功能筛选,获得1个酯解酶阳性克隆。对该阳性克隆构建亚克隆,挑选具有酯解酶活性的阳性亚克隆进行测序分析,最终获得1个肠道微生物来源的酯解酶基因(GenBank登录号:JQ972699)。结果表明,文库克隆的平均插入片段约为40kb,没有重复插入片段克隆。获得的酯解酶基因推演蛋白与Pyramidobacterpiscolens W5455的patatin样磷脂酶同源性最高,氨基酸一致性为95%。生物信息学分析结果表明该基因可能通过Vd型分泌方式进行分泌并发挥功能。本研究是通过构建人肠道微生物宏基因组大片段文库并结合重组子功能筛选获得酯解酶的首次报道,可为食品工业提供新的酯解酶来源和筛选方法。
- 段嘉程功胡永飞李晶律娜朱宝利
- 关键词：宏基因组学肠道微生物
- 牙菌斑培养菌群宏基因组文库构建及抗生素耐药基因筛选被引量：3
- 2013年
- 【目的】构建牙菌斑培养菌群宏基因组文库,筛选牙菌斑生物膜中细菌的抗生素耐药基因。【方法】采集20例无龋健康人的集合牙菌斑并进行厌氧培养。提取牙菌斑培养菌群宏基因组构建Fosmid文库。用卡那霉素、四环素及氨苄西林对文库进行筛选,并对筛选到的抗性Fosmid克隆进行末端测序、亚克隆构建、亚克隆测序和序列分析。【结果】构建了牙菌斑培养菌群宏基因组Fosmid文库,插入片段长度在36 48 kb间约有15 120个克隆,插入片段长度小于36 kb的约有3 360个克隆。筛选获得一个氨基糖苷类双功能修饰酶AacA-AphD基因、一个核糖体保护蛋白型四环素耐药基因tet(M)及一个C家族-内酰胺酶基因。【结论】证实了可以通过构建宏基因组文库的方法来筛选牙菌斑培养菌群中的抗生素耐药基因。
- 吴丹程功李晶朱宝利魏世成
- 关键词：牙菌斑生物膜宏基因组FOSMID文库抗生素耐药
