目的 对西宁市2017年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)中肠道病毒A组71型(Enterovirus A group 71 type,EV-A71)的基因特征进行分析。方法 采用实时荧光定量RT-PCR(real-time RT-PCR)方法对西宁市2017年HFMD病例的临床标本进行EV-A71筛查,阳性标本进行病毒分离。利用EV-A71特异性引物对病毒分离到的阳性毒株的VP1编码区进行扩增,并进行核苷酸序列测定和分析,同时将本研究序列与EV-A71各基因型和基因亚型的代表株序列构建亲缘关系进化树。结果 西宁市2017年共分离到57株EV-A71,均为C4a基因亚型,亲缘性分析显示,分属2个不同的小分支。2017年西宁市流行的EV-A71序列与我国其他省流行株的基因亲缘关系较为接近。结论 西宁市2017年流行的EV-A71以C4a为绝对优势基因亚型并与我国其他地区流行的EV-A71共同进化。
目的了解青海省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法采集青海省HFMD患者的咽拭子标本,进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR),对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果采集临床诊断HFMD阳性病例标本1738份,其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例,占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例,占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例,占36.13%,4年间不同基因型别间存在差异,具有统计学意义(EV-A71,χ^(2)=245.315,P<0.001;CV-A16,χ^(2)=27.680,P<0.001;CV-A6,χ^(2)=702.713,P<0.001),用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物,测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析,全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间,19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间,20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间,6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看,青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上;CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别,18株为B1b,2株为1D基因型;CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型,1株属于B1型。结论青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变,青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型,CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别,不同基因型间核酸序列差异性较大,同一基因间序列变异较小。
目的分析2020—2021年庄河市环境污水中甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)基因组特征,比较其与病例标本HAV基因组相似性。方法收集2021年庄河市7—12月18份污水处理厂进水口污水样本(环境污水),提取病毒RNA,逆转录后采用巢式PCR对VP1-2A区进行扩增,测序拼接获得5条HAV核苷酸序列(321 bp)。使用生物信息学软件进行系统进化分析。结果2021年环境污水样本HAV均为ⅠA亚型,VP1-2A区核苷酸序列同源性为98.7%~100%。与2020年庄河市甲肝病例样本的核苷酸序列同源性为97.8%~100%,进化上分为2个分支。结论ⅠA亚型为庄河市环境污水HAV的优势基因型,与病例样本的基因组存在差异,也有部分毒株的基因组完全一致。通过比较环境污水中HAV核酸与病例样本核酸的相似性,可更好地了解HAV的循环,以便对甲肝的流行病学监测作出早期预警。
