为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。结果表明,在囊谦青牦牛618 bp D-loop区序列分析中,共检测到34个多态位点,包括8个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.846±0.055和0.011±0.005。与野牦牛及我国其他18个家牦牛品种相比,囊谦青牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明囊谦青牦牛母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群构建的系统发育树结果显示,囊谦青牦牛群体的12种单倍型分布在3种单倍型组A、C、D中,且聚为2个大的分支,提示囊谦青牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源。综上,囊谦青牦牛群体母系遗传多样性较低,由2个母系支系组成,推测其有2个母系起源。
[目的]探究阿什旦牦牛的分子遗传多样性和群体遗传结构组成。[方法]试验选取52头阿什旦牦牛(32头公牛、20头母牛),通过PCR方法扩增其线粒体DNA控制区(mitochondrion DNA D-loop,mtDNA D-loop)序列并测序,基于核苷酸序列变异探究阿什旦牦牛的母系遗传多样性和群体遗传结构。利用5个Y染色体单核苷酸多态性(Y-chromosome single nucleotide polymorphism,Y-SNP)标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y染色体微卫星(Y-chromosome short tandem repeat,Y-STR)标记(INRA189),对32头阿什旦牦牛公牛进行PCR扩增和测序分型,分析其父系遗传多样性和群体结构组成情况。[结果](1)PCR扩增测序共获得52条阿什旦牦牛mtDNA D-loop序列,长度为617~618 bp。比对分析共检测到49个SNPs位点,包括6个单一多态位点和43个简约信息位点;根据D-loop区序列间核苷酸变异共确定了29种单倍型。母系遗传多样性分析显示,阿什旦牦牛的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.954±0.017和0.018±0.009。系统发育分析显示,阿什旦牦牛由Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ2个母系遗传支系组成,其中Mt-Ⅰ为优势支系,由单倍型组A(H5、H6、H11~H14、H16~H18、H24~H27和H29)、B(H1、H3、H15和H23)和E(H2和H28)组成,占68.97%;Mt-Ⅱ支系由单倍型组C(H4、H7、H9和H21)和D(H8、H10、H19、H20和H22)组成,占31.03%。(2)基于Y-SNP和Y-STR分子标记的联合分型,在阿什旦牦牛中共确定6种Y染色体单倍型(H1Y1、H2Y1、H6Y1、H8Y1、H9Y1和H11Y2)。父系遗传多样性分析显示,阿什旦牦牛Y染色体单倍型多样度为0.742±0.049。系统发育分析显示,阿什旦牦牛6种Y染色体单倍型聚为Y1和Y2两个父系支系,占比分别为65.62%和34.38%。[结论]阿什旦牦牛拥有丰富的母系、父系遗传多样性,由2个母系支系(Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ)和2个父系支系(Y1和Y2)组成,与中国大多数牦牛品种(群体)的遗传结构组成相似。
