王风平
- 作品数：108 被引量：237H指数：9
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学天文地球农业科学环境科学与工程更多>>
- 西太平洋暖池区深海沉积物细菌群落结构分析被引量：4
- 2009年
- 将传统培养方法与分子生物学方法结合,选取西太平洋暖池区上的5个位点进行深海细菌群落结构分析.变形梯度凝胶电泳(DGGE)带型分析表明5个位点的细菌群落结构相似,分子生物学调查得到的15种类型归属于变形细菌(Proteobacteria)的gamma亚群、alpha亚群、beta亚群、delta亚群,其中与硫代谢相关的克隆子数可达14.03%,说明该海域的硫代谢活动较活跃;用培养的方法共获得32株细菌,归属于变形细菌的gamma亚群、beta亚群,革兰氏阳性细菌.两种方法中变形细菌的gamma亚群为沉积物中的优势细菌类群,说明gamma-proteobacteria在太平洋海域有广泛的分布.分离的菌株大多能够在低温环境下产生大分子物质水解酶类,同样说明所调查海域有比较活跃的物质代谢活动.
- 王鹏肖湘王风平
- 关键词：深海沉积物西太平洋微生物多样性
- 深海生物技术研究平台
- 肖湘章晓波杨丰王风平阮灵伟李鹤宾陈贞茂李升康刘小青徐美丽陈明霞吴穗洁
- 该成果在充分吸收国外先进技术的基础上，利用自行研制的一批具备国际前沿水平的技术装备，在深海极端微生物培养、未培养微生物宏基因组构建等关键生物技术上取得了突破，在国内首先建立了一个相对完整的深海微生物高压培养系统并初步掌握...
- 关键词：
- 关键词：深海生物技术
- 产甲烷古菌中CRISPR簇的研究被引量：4
- 2016年
- 【目的】通过对51个产甲烷古菌基因组中成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)的组成和来源进行研究,推测产甲烷古菌与环境中其他微生物的物质交换和相互作用,在基因组水平上阐述产甲烷古菌之间的遗传差异。【方法】利用CRISPRdb和CRISPRFinder,找出产甲烷古菌基因组中所有潜在的CRISPR簇。对CRISPR簇的基本组成部分进行分析:利用BLASTCLUST对重复序列(Repeat)进行分类;分别将间隔序列(Spacer)与Refseq病毒基因组、Refseq质粒基因组和Refseq产甲烷古菌基因组进行比对,从而获得间隔序列的物种来源和功能信息的注释。【结果】在51个产甲烷古菌中共找到了196个CRISPR簇,这些CRISPR簇中包含了总共4 355条间隔序列。在这些产甲烷古菌中,CRISPR簇的分布是不均匀的,且每个物种的间隔序列数量与其CRISPR簇数量是不成正比的。在对重复序列进行分类之后,发现Mclu1是分布最广且最具代表性的一类重复序列。在4 355条间隔序列中有388条具有物种注释信息,266条具有功能注释信息。从CRISPR簇间隔序列的来源来看,产甲烷古菌曾受到来自Poxiviridae、Siphoviridae以及Myoviridae属病毒的攻击,并且产甲烷古菌之间存在比较广泛的遗传物质交换。【结论】产甲烷古菌基因组中的CRISPR簇在组成和来源上存在较大的差异,这些差异与它们的生存环境有较大的关系。从CRISPR簇的角度阐述了产甲烷古菌之间基因组序列的差异。
- 方静侯佳林张宇王风平何莹
- 南海深部生物圈研究:以沉积物中古菌的生物地球化学功能探索为例
- 王风平梁前勇冯东庄光超牛明杨余甜甜范习贝徐雷梁乐文冯晓远
- 缺失几丁二糖酶的几丁质降解基因工程菌及用于生产几丁寡糖的方法
- 本发明提供了一种通过基因工程手段对几丁质降解菌进行几丁质酶系改造，得到了缺失几丁二糖酶的高效几丁质降解基因工程菌。获得的基因工程菌能够有效降解晶体和胶体几丁质，在发酵液中直接添加几丁质底物进行摇瓶培养，可从发酵液中直接获...
- 肖湘王风平陈贞茂李强
- 文献传递
- 一株产新结构细胞毒活性三吲哚化合物的大肠杆菌工程菌19C6及其含的深海宏基因组
- 本发明公开了一株产新结构细胞毒活性三吲哚化合物的大肠杆菌工程菌19C6及其含的深海宏基因组，该工程菌保藏号为：CCTCC NO：M 2010245，该基因来源于深海沉积物样品，序列如SEQ ID NO 1所示，该工程菌还...
- 汤熙翔肖湘易志伟王风平秦丹
- 文献传递
- 细菌细胞膜脂记录的西太平洋暖池约4 Ma以来沉积物风尘陆源输入变化
- 2021年
- 西菲律宾海作为西太平洋暖池的一部分,重建其在地质历史时期的热力学变化、陆源输入变化,对于理解西太平洋暖池在全球地质时间尺度上的作用具有重要意义。利用古菌与细菌的细胞膜质甘油二烷基甘油四醚(glycerol dialkyl glycerol tetraethers,GDGTs)对西菲律宾海XT-47孔沉积物的陆源输入及其上方水体温度的变化进行重建,发现该沉积柱顶部(0~260 cm,约16.6~18.8 ka)BIT指标为0.01~0.2,TEX^H 86重建的上层海水平均温度为22.5℃,而底部(260~632 cm,约18.8~4000 ka)TEX^H 86重建得到的上层海水温度绝对值波动剧烈(0.6~26℃),在此范围内BIT>0.3,并呈现逐渐增加的趋势,超过BIT界定的陆源输入对TEX^H 86重建古温度有效性的阈值,这导致了该深度范围内TEX^H 86重建古温度变化的严重偏差。以260和470 cm为界,该沉积柱的沉积相出现明显变化,上层为大量纹层硅藻席沉积,中层为远洋黏土和硅藻泥互层,下层为远洋黏土沉积;同时,支链GDGTs(branched GDGTs,br GDGTs)的组成也出现明显差异,说明其来源可能有所不同。基于以上分析,提出260 cm以浅,brGDGTs可能主要为海相原位自生为主;而260 cm深度以下,主要以风尘输送的陆源brGDGTs为主。该结果显示陆源输入的变化可以间接反映东亚冬季风的强弱,本研究为高低纬之间的海陆相互作用研究提供了新的视角。
- 赵小小吴玥汀董良章陶亮胡邦琦李清王风平
- 关键词：西菲律宾海
- 低温诱导高效异源表达载体pSW4及其制备方法和应用
- 本公开了一种低温诱导高效异源表达载体pSW4及其制备方法和应用，所述pSW4来源于专利CN103333908A中对穿梭载体pSW2的改造，所述低温表达载体的碱基序列如SEQ ID NO.1所示，所述制备方法包括以下步骤：...
- 王风平程瑞雪许冠鹏蹇华哗
- 文献传递
- 整合鲈鱼生长激素基因的蓝藻7942被引量：8
- 2003年
- 利用载体pAM1146与烟草花叶病毒35S启动子,鲈鱼生长激素基因GH连接,构建携带鲈鱼生长激素基因的整合型表达载体pAMGH,用自然转化方法将pAMGH导入蓝藻7942,筛选到6株抗壮观霉素,氨苄青霉素敏感的藻落.提取抗性藻落的基因组总DNA,用生长激素基因特异引物进行PCR检测,结果证实鲈鱼生长激素基因已经整合进入蓝藻7942的染色体中.
- 王风平
- 关键词：生物工程蓝藻生长激素基因鲈鱼
- 珠江口海岸带沉积物氨氧化细菌和古菌组成及定量研究被引量：2
- 2012年
- [目的]对珠江口海岸带沉积物中的氨氧化细菌和古菌的组成进行分析,并进行定量研究。[方法]用构建克隆文库和Q-PCR定量的方法对珠江口沉积物中氨氧化细菌和古菌amoA基因的含量和多样性特征进行研究。[结果]在2个沉积物表层,氨氧化古菌的含量是细菌的9和22倍,揭示氨氧化古菌在珠江口的氨氧化过程中起主导作用;系统发育分析表明大多数古菌和细菌的amoA基因序列与不可培养的源于河口区和污染区域的环境克隆子序列有较高的同源性;细菌amoA序列可分成5个类群(Cluster A、B、C、D和E),均属于Nitrosomonas类群,其中Cluster A是主要类群(72.1%);古菌amoA序列分析表明来自于表层的序列有52.2%属于"水/沉积物"簇,47.8%属于"土壤/沉积物"簇,而沉积物底层厌氧区,检测到的古菌amoA基因93.3%属于"土壤/沉积物"簇,6.7%属于"水/沉积物"簇,且amoA基因数量略高于表层。[结论]该研究有助于了解珠江口区域氮的循环过程,为氮的富营养化处理提供重要的理论依据。
- 陈金全郑燕平姜丽晶王风平
- 关键词：氨氧化AMOA基因Q-PCR
