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胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计被引量：4: 2011年; [目的]筛选胡桃的EST-SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃(Jug-lans regia Linn.)ESTs序列进行EST-SSR特征分析,利用Primer 3.0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3.97%,平均分布距离为21.12 kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的 31.40%和35.27%;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST-SSR引物,将为胡桃科EST-SSR分子标记的开发奠定基础。; 冯怡张智俊张舍龙罗淑萍; 关键词：胡桃 EST-SSR 微卫星引物

毛竹抗逆锌指蛋白基因cDNA克隆与序列分析被引量：9: 2010年; 根据水稻抗逆相关锌指蛋白基因的保守区序列设计引物,以毛竹基因组DNA和cDNA为模板,采用PCR方法,成功扩增出1个含有完整阅读框架的cDNA序列,长度为495bp,序列无内含子,共编码164个氨基酸,将其命名为PeZFP基因(GenBank登录号:FJ472953)。氨基酸序列(GenBank登录号:ACL01101)的分析结果表明,PeZFP与其他锌指结构蛋白有较高的同源性,同水稻锌指结构抗逆蛋白OSIAP1序列相似性高达87.7%,且其序列C端具有典型的AN1类型的锌指结构Cx2-4Cx9-12Cx2Cx4Cx2Hx5HxC,在N端具有典型的A20类型锌指蛋白结构,推测此PeZFP为植物抗逆OsIAP1类似基因,在功能上与毛竹抗逆性相关。; 刘志伟张智俊杨丽; 关键词：毛竹锌指蛋白克隆

均匀设计优化毛竹EST-SSR PCR反应体系被引量：5: 2010年; 本研究以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计U10(54)表,对毛竹EST-SSRPCR反应体系的TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs及引物浓度4因素5个水平进行优化筛选。优化实验结果表明,毛竹EST-SSRPCR的25μL优化反应体系为:10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL、TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+、dNTPs及引物的最适浓度分别是1.0mmol/L、0.1mmol/L、0.48μmol/L;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。该优化体系为利用EST-SSR分子标记对毛竹进行遗传多样性等相关研究工作提供了基础条件。; 管雨杨丽张智俊; 关键词：毛竹均匀设计

芦笋EST资源的SSR信息分析被引量：3: 2012年; 为了在芦笋中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8590条芦笋(AsparagusofficinalisL.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索。剔除冗余序列,得到非冗余序列8377条。在非冗余序列中共挖掘出469个EST-SSR,平均相隔14.80kb出现1个SSR。在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51%(190/469),其次是三核苷酸34.97%(164/469),六核苷酸21.11%(99/469)。在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22%(62/469)。选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80%,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究。; 吴建霞李亚玲张智俊管雨; 关键词：芦笋引物

13种观赏竹EST-SSR标记遗传多样性分析被引量：6: 2012年; 为给竹子分类、竹种新品种登记及种质资源保护提供一定的科学依据,从已开发的25对毛竹EST-SSR引物中筛选出13对引物,对13份常用观赏竹种进行遗传多样性分析。共检测到123个位点,获得121个多态性位点。采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.18水平下可将13个竹种分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ5类。利用Popgen32软件对其进行遗传多样性分析,结果表明,各类群等位基因观察数(Na)平均为1.342 2,有效等位基因数(Ne)平均为1.234 5,基因多样性指数(H)平均为0.152 8,Shannon信息指数(I)平均为0.180 4。5个类群间遗传多样性趋势为:Ⅱ>Ⅴ>Ⅰ>Ⅲ>Ⅳ。; 余利黄少勇张智俊管雨; 关键词：竹种 EST-SSR

毛竹EST资源SSR标记分析与筛选被引量：13: 2011年; 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3087条毛竹(Phyllostachys edulis)EST序进行简单重复序列SSR搜索发现:在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点,平均6.8kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中,最常见的重复基序是:(AG)n,占37.01%,其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG)n和(CGC)n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,以12个不同种属的竹子DNA为模板,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中39对引物的产物存在多态性,说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。; 张智俊管雨杨丽余利罗淑萍; 关键词：毛竹 EST-SSR 分子标记

木瓜花粉生活力测定及储藏特性被引量：13: 2012年; 以木瓜Chaenomeles sinensis新鲜花粉为试材,通过培养基萌发试验法、氯化三苯基四氮唑(TTC)染色法、碘-碘化钾(I-KI)染色法对花粉生活力进行测定,并研究了不同储藏条件及时间对木瓜花粉萌发的影响。结果表明:木瓜花粉萌发的最佳培养基为100 mg·L-1蔗糖+30 mg·L-1硼酸+8 g·L-1琼脂,萌发率达75.09%;TTC染色法的染色率为60.64%,适宜作为木瓜花粉生活力的测定;I-KI染色法的染色率仅为17.94%,不宜于其生活力的测定;适宜木瓜花粉储藏的条件依次为-80℃,4℃,-23℃和常温;花粉在-80℃储藏16 d后,花粉萌发率仍达到22.9%。; 管雨贾文庆刘会超张智俊; 关键词：植物学木瓜生活力储藏条件

毛竹笋全长cDNA文库构建被引量：6: 2010年; Gateway技术构建cDNA文库,利用了λ噬菌体的位点特异性重组,避免使用限制性内酶切割cDNA,能够解决常规方法构建cDNA文库的技术缺陷。应用Gateway技术构建毛竹笋cDNA文库,经检测cDNA入门文库的滴度达到1.7×106cfu/mL,文库总容量为8.5×106cfu,平均插入片段在1.0 kb以上。毛竹笋文库的构建为进一步克隆毛竹纤维化分子机理打下了基础。; 刘志伟张智俊韩国民何沙娥杨丽; 关键词：GATEWAY技术毛竹笋

适用于竹林土壤PCR-DGGE分析用的微生物总DNA提取及纯化方法被引量：5: 2009年; 为了获得完整、高纯度的竹林土壤微生物总DNA,采用改良的十二烷基硫酸钠-高盐抽提法对5种竹林土壤进行DNA提取,通过DNA凝胶回收试剂盒纯化粗提的DNA,利用细菌16 S rDNA基因的V3区引物对纯化的DNA进行了聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)验证。结果表明,该方法所需土壤样品少,抽提的DNA片段均在23kb以上,完整性好;采用DNA凝胶回收试剂盒纯化能够有效去除粗提DNA中大部分杂质,获得高质量的DNA;以此DNA为模板进行DGGE检测所反映的微生物信息量丰富。; 何沙娥张智俊; 关键词：微生物学微生物 DNA提取

毛竹甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的克隆与序列分析被引量：11: 2010年; 为了分离毛竹抗逆相关基因,利用RT-PCR和RACE技术,从毛竹叶片中克隆出甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因PeGAPDH的全长cDNA序列(GenBank登录号GU356597)。该序列全长1368bp,完整阅读框1013bp,编码一个具有337个氨基酸残基的蛋白。利用生物信息学软件对PeGAPDH蛋白进行了分析,结果表明:PeGAPDH蛋白分子量为36.643kDa,等电点为6.33;该蛋白含有2个保守区,即N端的NAD+结合区和靠近C端的催化功能区。PeGAPDH是一种亲水性、非分泌型蛋白,定位于膜的表面,属于氧化还原酶系,主要在中间产物代谢和能量代谢中起作用。蛋白质进化树的构建结果表明:PeGAPDH与水稻等禾本科植物来自细胞质中的GAPDH蛋白的亲缘关系很近,同双子叶植物的GAPDH则相差较远。; 杨洋张智俊罗淑萍; 关键词：生物信息学毛竹甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因克隆

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