国家科技部农业科技成果转化资金(2008GB2C400138)
- 作品数：1 被引量：5H指数：1
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- 发文基金：国家科技部农业科技成果转化资金国家自然科学基金更多>>
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- 基于质谱和生物信息学分析的小菜蛾蛋白质鉴定被引量：5
- 2009年
- 本研究以非模式昆虫小菜蛾Plutella xylostella为材料,对比2,3,4龄幼虫的蛋白质组双向电泳图谱,得到24个蛋白质差异点,从中选取了编号为1111的差异表达蛋白质点进行质谱鉴定和生物信息学分析。采用胶内酶解的多肽进行MALDI-TOF/TOF分析,获得该点的肽质量指纹图谱(PMF)及串联质谱(MS/MS)图谱。将获得的PMF分别用MASCOT和ProFound等常用软件在NCBInr的Metazoa蛋白质数据库进行搜索,匹配结果不理想。进一步用PMF+MS/MS谱图搜索NCBInr的Metazoa蛋白质数据库,以及小菜蛾EST数据库。在NCBInr库中匹配结果为拟暗果蝇Drosophila pseudoobscura中的一种假定蛋白GA18218-PA,而用EST库搜索的结果为家蚕Bombyx mori的ATP合酶的亚基。为验证搜索结果,将该蛋白质点进行磺基异硫氰酸苯酯(SPITC)化学衍生后de novo测序,最后确认该点可能为ATP合酶的一个亚基。最后着重讨论了蛋白质的质谱鉴定与生物信息学分析的联合使用,希望据此选择出最适合于非模式昆虫蛋白质组学鉴定的方法。
- 谢苗成娟尤民生杨广蔡敬轩
- 关键词：小菜蛾蛋白质肽质量指纹图谱串联质谱生物信息学
