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广东省科技计划工业攻关项目(2010A040302003)
作品数:
2
被引量:5
H指数:2
相关作者:
张宝
孙世强
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相关机构:
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肝细胞癌基因表达谱分析
被引量:3
2012年
目的:通过分析肝细胞癌(HCC)基因表达谱改变来探讨HCC发病机制。方法:从GEO数据库中下载HCC基因表达数据GSE14215和GSE29217,采用Genespring 11.0软件分析差异表达基因,运用统合分析(meta-analysis)方法确定共同差异表达基因,利用DAVID、KEGG、String和FABLE等生物信息学软件确定相关的生物学过程、分子功能、相互作用通路等。结果:HCC组织与正常肝组织相比,共同下调、上调的差异表达基因分别是281和227个,其中作为转录因子36个;与文献报道的HCC相关基因一致的有181个。差异表达基因主要与细胞周期调控、代谢调节、药物代谢酶系、DNA的损伤复制、p53和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路(PPAR)等信号通路有关。结论:HCC基因表达谱数据分析表明,细胞周期紊乱主要发生在S、M期;转录因子FOXM1/HNF3高表达与HCC的细胞周期紊乱密切相关。
张宝
唐锴鹰
孙世强
刘坤
冯春琼
吴清华
陈虎
郑文岭
马文丽
关键词:
肝细胞
基因表达谱
计算生物学
细胞周期
转录因子
1966-2011年全球肠道病毒71型部分分离株的基因特征及流行病学分析
被引量:2
2014年
目的 分析人类肠道病毒71型(EV71)基因特征及流行病学信息。方法 用生物信息学软件对来自13个国家、中国的17省、直辖市不同时间内分离的270株EV71病毒VP1区基因序列进行分析,计算不同毒株的核苷酸差异率以及基因型/亚型内部、之间的同源性,构建系统发生树,分析流行病学信息。结果 270株病毒可分为3个基因型( A、B、C型),B型和C型又各可分为5个亚型;其中A型只有3株,B型和C型占了98.9%。不同毒株的核苷酸差异率为7.1%~25.9%,不同基因型之间的核苷酸差异率为23.0%~25.9%。同时从发生树中发现一些区别于B型和C型的“孤儿株”。结论 同一地区可以出现某种基因型/亚型流行很长时间,同一时间内可以出现不同的基因型/亚型在某地区流行,具有明显的时间和地域流行特点。“孤儿株”的发现为EV71的不断进化以及具有基因多态性提供了证据。
黄克勇
李凌
赵卫
万成松
张宝
关键词:
VP1
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