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人类细胞色素P450 2E1酶在不同乙醇浓度下构象变化的分子动力学模拟（英文）被引量：2: 2015年; 细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓度下构象行为的研究.基于此,本文研究了花生四烯酸(AA)与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下构象与能量变化的特点.对于在不同乙醇浓度下AA与CYP2E1的复合物结构,采用分子动力学模拟结合自由能计算的方法进行研究.分子动力学模拟结果表明,His109和Lys243氨基酸残基对AA与CYP2E1的结合起到了至关重要的作用.当体系的乙醇浓度较高时,AA的结合能力有所下降,这种结合能力的下降是由于AA与CYP2E1之间氢键相互作用力的减弱所致.本研究对于AA与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下,AA分子与CYP2E1分子结合能力下降以及CYP2E1的构象变化给出了详细的解释.本研究工作得到的结论对于实验和理论研究均有重要意义,可为后续细胞色素P450酶类催化活性的研究提供理论支持.; 王衍郑清川; 关键词：细胞色素P450 分子动力学模拟

苯磺酰胺从碳酸酐酶Ⅱ中脱离过程的分子动力学模拟被引量：5: 2013年; 综合运用分子动力学模拟和自由能计算方法研究了苯磺酰胺分子从碳酸酐酶Ⅱ(CAⅡ)的活性位点脱离过程中底物与酶之间的动态相互作用.脱离过程的平均力势(PMF)显示,底物脱离时存在一个特殊的结合状态.其中,静电相互作用占据了主导地位.轨迹分析显示,除了金属离子的配位作用之外,底物脱离路径上的关键残基Leu198、Thr199和Thr200通过与底物磺胺基的氢键作用阻碍了底物从酶中的脱离.当前的研究对于深入认识磺胺类药物与CAⅡ的详细结合过程和相关的药物改良与设计具有重要的指导意义.; 孙维琦张继龙郑清川孙志伟张红星; 关键词：分子动力学模拟自由能苯磺酰胺

CYP2C9酶与Warfarin结合模型的立体选择性理论研究被引量：7: 2014年; 对CYP2C9酶与S-Warfarin复合物的晶体结构进行分子对接、分子动力学模拟、通道分析及结合自由能计算,发现原晶体结构中的结合模式为'亚稳态',提出了CYP2C9与S-Warfarin结合的可催化模式;比较了CYP2C9与S-和R-Warfarin结合的异同,确定了在结合过程中起重要作用的锚定氨基酸残基,尤其是位于活性位点区域的苯丙氨酸簇.在结合过程中这些残基通过芳香环的移动对稳定底物的结合模式起到至关重要的作用,阐明了该酶呈现相关底物选择性的原因.对于CYP2C9与底物对接模式及立体选择性的研究有助于在分子层面上理解特异性底物与酶的结合特点,为潜在的药物设计提供了合理可信的理论依据.; 吴云剑崔颖璐郑清川张红星; 关键词：分子对接分子动力学模拟细胞色素P450

细胞色素P450蛋白酶对花生四烯酸羟基化和环氧化的理论研究: 2016年; 花生四烯酸是人体内重要不饱和脂肪酸,它的代谢产物对人体具有重要的生理功能.细胞色素P450酶作为人体内重要的一种氧化还原酶,它能够代谢花生四烯酸产生羟基二十碳四烯酸(HETE)和表氧二十碳三烯酸(EET).通过量子化学中的密度泛函方法能够从原子水平上研究P450酶对花生四烯酸的催化过程.结果表明,P450酶羟基化花生四烯酸包括氢提取和回弹的两个步骤.氢提取是整个反应的决速步骤,而且羟基化的过程在两种自旋态下都可以进行.P450酶环氧化花生四烯酸的过程只通过一个过渡态就得到产物,从能量角度上看,低自旋态的反应更容易进行.; 郑清川庄灿波; 关键词：密度泛函 P450 花生四烯酸羟基化环氧化

斜入射时网格法在吸波材料吸波机理研究中的应用被引量：4: 2019年; 通过平面波反射系数公式和传输线理论,给出了电磁波斜入射时单层吸波材料反射系数公式,利用网格法对材料的电磁参数、厚度、频率与总后向反射率的关系,进行了分组讨论与匹配设计,指出低频段材料的外形设计应该根据不同频率点的强吸收特点采取厚度渐变式.; 韩海生马佳张海丰裴魏魏; 关键词：斜入射吸波材料

细胞色素P450对底物的选择性及催化机制: 2013年; 细胞色素P450酶是广泛存在的含亚铁血红素单加氧酶,参与甾类激素的合成、脂溶性维生素代谢、多不饱和脂肪酸转换为生物活性分子,以及致癌作用和药物代谢.综述了细胞色素P450结构与功能的关系,特别是细胞色素P450对底物的选择性以及催化机制,并对其未来的发展方向进行了展望.; 崔颖璐郑清川张红星; 关键词：细胞色素P450 分子动力学模拟

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国家自然科学基金(21273095)